Khoảng hơn một năm nay, tình trạng ùn tắc xe, đặc biệt là xe 2 bánh khi lưu thông qua hầm vào giờ cao điểm sáng, trở nên khó khăn hơn. Như sáng ngày 25-4, mới 7 giờ, chỉ một cơn mưa nhỏ thoáng qua cũng khiến tình trạng giao thông ở đường dẫn vào hầm bờ quận 2 rối ren. Ùn tắc do lượng xe 2 bánh quá nhiều, cộng thêm thời tiết xấu nên tốc độ di chuyển vào hầm khá chậm, dẫn đến ùn tắc. Lực lượng điều phối giao thông đường hầm phải ngăn dòng xe 4 bánh để ưu tiên mặt đường cho xe 2 bánh qua hầm. Lượng xe qua hầm mỗi lúc một đông, ùn ứ nên muốn qua được giao lộ Mai Chí Thọ - Trần Não hay Mai Chí Thọ - Nguyễn Cơ Thạch, người đi xe 2 bánh phải chờ 3 lần đèn tín hiệu. Mưa nặng hạt thêm với dòng xe ùn ứ, nhiều phương tiện đã tìm lối thoát bằng cách leo lề để rẽ phải về hướng cầu Cá Trê. Tình trạng này không chỉ mới xuất hiện gần đây và đang có chiều hướng thường xuyên hơn.
Nỗi lo lắng của nhiều người là nếu lượng xe qua hầm quá đông mà xảy ra sự cố cháy nổ, tai nạn trong hầm thì hậu quả sẽ khó lường. Để ngăn ngừa và giảm thiểu những sự cố đáng tiếc có thể xảy ra, Trung tâm Quản lý đường hầm sông Sài Gòn nên lắp bảng đèn cảnh báo từ xa tại giao lộ Mai Chí Thọ - Trần Não, đề nghị các phương tiện nên chuyển hướng giao thông khi đường hầm quá tải. Hoặc nên chuyển dòng giao thông từ đường Mai Chí Thọ rẽ về phía cầu Thủ Thiêm, vì hướng đi này khá thoáng, ít xe. Một đề nghị nhỏ nhưng cần quan tâm: Nên xử phạt triệt để người đi xe 2 bánh vừa lưu thông qua hầm vừa sử dụng điện thoại di động. Đây là nguyên nhân dẫn đến tốc độ xe bị chậm lại, gây ùn ứ và rất dễ xảy ra tai nạn trong hầm.
Về lâu dài, khi các dự án bất động sản lấp đầy, số lượng dân cư phía quận 2, 7, 9… tăng vọt so với hiện nay, việc phân luồng giao thông để tránh kẹt xe trong hầm vào giờ cao điểm là điều rất cần tính đến.