Theo Bộ GT-VT, việc giảm giá dịch vụ sử dụng đường bộ cho các chủ phương tiện nằm trong khu vực lân cận được thực hiện theo chủ trương chung của Bộ GT-VT và các quy định của pháp luật hiện hành. Do Công ty cổ phần BOT quốc lộ 2 đã miễn giảm giá vé cho 2.083 lượt xe không đúng đối tượng được miễn giảm, gây thất thoát 1,2 tỷ đồng nên Bộ GT-VT đã yêu cầu Tổng cục ĐBVN phải thực hiện việc truy thu số tiền này để cập nhật vào doanh thu thu phí và phương án tài chính của dự án.
Bên cạnh việc truy thu, Tổng cục ĐBVN cũng đã đề xuất Bộ GT-VT chấp thuận đề xuất miễn phí 100% phương tiện ở các địa phương trong phạm vi bán kính 10km quanh trạm thu phí, do Công ty cổ phần BOT quốc lộ 2 cam kết không tăng thời gian thu phí của dự án.
