Hiện nay, Sawaco lấy nước thô từ sông Sài Gòn (tại trạm Hòa Phú, huyện Củ Chi, TPHCM) và từ sông Đồng Nai (trạm bơm Hóa An, Biên Hòa, tỉnh Đồng Nai). Nguồn nước thô này được dẫn về cụm Nhà máy nước Tân Hiệp và Nhà máy nước Thủ Đức xử lý, rồi cung cấp cho 100% người dân TPHCM.
Tuy nhiên, chất lượng nước sông Sài Gòn từ Hóa An về Cát Lái đang bị ô nhiễm, đặc biệt ô nhiễm vi sinh nghiêm trọng. Sở Xây dựng TPHCM phân tích, do TPHCM nằm ở cuối lưu vực nên gặp nhiều khó khăn, không chủ động kiểm soát ô nhiễm nguồn nước mặt được. Mặc dù các cơ quan quản lý thực hiện nhiều giải pháp bảo vệ nguồn nước nhưng chất lượng nước mặt sông Đồng Nai, đặc biệt là sông Sài Gòn vẫn biến động với xu hướng xấu hơn. Các chỉ tiêu ammonia, hữu cơ, vi sinh, mangan… trong nước sông Sài Gòn ngày càng tăng. Điều này gây ảnh hưởng nghiêm trọng đến hoạt động sản xuất của các nhà máy nước và có nguy cơ gây mất an toàn cấp nước cho TPHCM trong tương lai.
Trước tình trạng này, Sawaco thực hiện nhiều giải pháp kiểm tra, giám sát nghiêm ngặt nguồn nước thô trước khi đưa vào nhà máy. Định kỳ hàng tháng, các chuyên gia của Sawaco lấy mẫu nước kiểm tra, đi giám sát nguồn nước dọc lưu vực sông, cả các kênh rạch lớn chảy vào sông. Trên cơ sở đó cũng có thể ghi nhận được các điểm phát sinh nguy cơ ô nhiễm nguồn nước sông và thực hiện các biện pháp khắc phục, phòng ngừa. Tại các nhà máy nước, Sawaco trang bị hệ thống giám sát, cảnh báo sớm chất lượng nước thô và xây dựng các phương án ứng phó kịp thời khi có sự cố ô nhiễm trên sông. Các nhà máy nước cũng thực hiện các giải pháp, công nghệ xử lý nước hiện đại, có khả năng xử lý tốt các chất ô nhiễm, để đảm bảo nước đầu ra đạt tiêu chuẩn.
Sawaco còn tổ chức giám sát chất lượng nước từ đầu nguồn đến khi nước vào nhà máy xử lý và trên hệ thống đường ống. Đây là hệ thống giám sát chất lượng nước online, cho kết quả hàng giờ. Qua hệ thống giám sát online, nếu phát hiện các chất hữu cơ hoặc amoni tăng cao, bộ phận vận hành sẽ điều chỉnh clo xử lý nước từ trạm bơm về nhà máy. Trường hợp ô nhiễm vượt ngưỡng xử lý buộc phải ngưng lấy nước sông Sài Gòn. Kế đến, Sawaco nhờ Nhà máy nước Kênh Đông tăng công suất để “bù vào” hoặc đề nghị hồ phía Dầu Tiếng xả nước đẩy mặn, rửa ô nhiễm nguồn nước mặt. “Các nhà máy nước trên địa bàn TPHCM đều thực hiện chương trình cấp nước an toàn, xây dựng các thông số tới hạn đối với các chỉ tiêu có nguy cơ rủi ro cho hệ thống cấp nước”, một lãnh đạo Sawaco khẳng định.
Song song đó, ngành cấp nước TPHCM cũng có phương án ứng phó với những rủi ro này. Để “kiểm tra chéo” chất lượng nguồn nước, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TPHCM thực hiện giám sát độc lập chất lượng nước trên địa bàn TPHCM. Tuy nhiên, theo Sawaco, cần có các phương án ứng phó với nguy cơ mất an toàn nguồn nước do sự cố ô nhiễm, từ đó đảm bảo an toàn trong hoạt động cấp nước cho TPHCM đến 50 năm sau. Cụ thể, Sawaco đề nghị, về lâu dài cần có phương án xây dựng các hồ lắng lọc, xây dựng đập ngăn mặn ở thượng nguồn sông Sài Gòn và hồ lắng lọc, điều tiết dọc sông Đồng Nai hoặc sông Sài Gòn. Ngoài ra, trong kế hoạch cấp nước an toàn, Sawaco cũng đề xuất phương án TPHCM xem xét xây dựng các bể chứa nước ngầm trong khu vực nội đô. Đây sẽ là nguồn dự trữ nước sạch cho người dân khi có các sự cố bất ngờ xâm hại an toàn nguồn nước.