Những trường đang thực hiện mô hình VNEN cần đánh giá, tổng kết, điều chỉnh hoạt động, bổ sung các điều kiện để thực hiện mô hình có hiệu quả hơn. Với trường chưa áp dụng mô hình, nếu có nhu cầu áp dụng VNEN sẽ thực hiện theo tinh thần tự nguyện. Trường phải chuẩn bị đầy đủ các điều kiện theo quy định, giáo viên được tập huấn, tham quan, hiểu rõ về mô hình. Đồng thời, trường sẽ vận động nhiều tổ chức xã hội khác cùng tham gia, phải trao đổi và nhận được sự đồng thuận của phụ huynh học sinh.
Học sinh học theo nhóm trong mô hình VNEN Hiện TPHCM có hơn 60 trường tiểu học áp dụng VNEN, trong đó phần lớn ở khối lớp 2 và lớp 3. Theo Sở GD-ĐT TPHCM, việc giảng dạy theo mô hình trường học mới đã đạt kết quả nhất định khi các trường đầu tư sử dụng phương tiện nghe nhìn vào giảng dạy và tổ chức lớp học hiệu quả, tích cực. Giáo viên biết cách phối hợp các kỹ thuật dạy học và khai thác công nghệ thông tin tốt, giúp giờ học nhẹ nhàng, hiệu quả.
Trước đó, Ngân hàng Thế giới (WB) công bố kết quả đánh giá tác động của mô hình trường học mới VNEN. Báo cáo dựa trên công trình của đội ngũ chuyên gia thuộc WB với sự hỗ trợ của Bộ GD-ĐT Việt Nam, Quỹ Dubai Cares, Chương trình Hợp tác giáo dục toàn cầu (GPE) và Viện Nghiên cứu phát triển MeKong. Nhóm nghiên cứu khảo sát từ học sinh lớp 3 (năm học 2013-2014) và theo dõi trong 2 năm học tiếp theo. Họ chọn ngẫu nhiên các trường học thực hiện và không thực hiện mô hình VNEN; khảo sát thực địa, phỏng vấn hiệu trưởng, giáo viên, phụ huynh và học sinh hàng năm. Học sinh sẽ làm một bài kiểm tra đánh giá môn Toán và tiếng Việt được chuẩn hóa.
Theo báo cáo, chi phí của toàn bộ chương trình vào khoảng 85 triệu USD và mang lại lợi ích cho khoảng nửa triệu học sinh trong suốt 4 năm, chưa kể các em được hưởng lợi trong tương lai. Qua giám sát điểm thi môn tiếng Việt và Toán cho thấy, học sinh VNEN “có sức học bằng hoặc hơn các em ở lớp thông thường”. WB cũng cho rằng, các trường học VNEN cung cấp thêm rất nhiều không gian cho học sinh phát triển và thực hành kỹ năng thế kỷ 21 như lãnh đạo, làm việc theo nhóm, học tập hợp tác, giao tiếp và tự học...
Trong khi WB đánh giá tốt về VNEN thì năm học này, nhiều tỉnh thành đã dừng triển khai mô hình trường học mới ở bậc THCS, không mở rộng thêm ở bậc tiểu học như Hà Tĩnh. Tại hội nghị triển khai nhiệm vụ năm học 2017-2018 bậc tiểu học, Bộ trưởng Bộ GD-ĐT Phùng Xuân Nhạ yêu cầu các sở giáo dục rà soát, nếu trường nào chưa đủ điều kiện về giáo viên, cơ sở vật chất thì dừng triển khai VNEN
