Theo quyết định, UBND TPHCM giao Sở TN-MT chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan thực hiện việc thu phí bảo vệ môi trường đối với khí thải theo Nghị định số 153/2024 của các cơ sở xả khí thải thuộc thẩm quyền cấp giấy phép môi trường của Bộ NN-MT trên địa bàn TPHCM, UBND cấp tỉnh và các cơ sở hoạt động trong các khu chế xuất, khu công nghiệp và khu công nghệ cao; Sở TN-MT có trách nhiệm thẩm định tờ khai phí bảo vệ môi trường đối với khí thải, thông báo số phí phải nộp, quản lý thu, nộp phí bảo vệ môi trường, đăng tải danh sách các cơ sở xả khí thải thuộc diện nộp phí trên cổng thông tin điện tử.
Hàng năm, Sở TN-MT phối hợp cùng UBND TP Thủ Đức và các quận, huyện, Ban Quản lý các khu chế xuất và công nghiệp, Ban Quản lý khu công nghệ cao rà soát, cập nhật danh sách các cơ sở thuộc đối tượng nộp phí, không gây thất thu ngân sách TP.

Nghị định số 153/2024 quy định, mức phí bảo vệ môi trường đối với khí thải của cơ sở xả khí thải không thuộc đối tượng phải quan trắc khí thải cố định 3 triệu đồng/năm. Đối với cơ sở thuộc đối tượng phải quan trắc khí thải, mức thu phí cố định cũng là 3 triệu đồng/năm, bên cạnh là mức thu phí biến đổi của các chất gây ô nhiễm môi trường có trong khí thải như sau: Chất gây ô nhiễm môi trường là bụi thì mức thu phí là 800 đồng/tấn; Chất gây ô nhiễm môi trường là NOx (gồm NO2 và NO) thì mức thu phí là 800 đồng/tấn; Chất gây ô nhiễm môi trường là SOx thì mức thu phí là 700 đồng/tấn; Chất gây ô nhiễm môi trường là CO thì mức thu phí là 500 đồng/tấn.