Ban Chỉ đạo do Chủ tịch UBND TPHCM Phan Văn Mãi làm Trưởng Ban. Phó Chủ tịch UBND TPHCM Võ Văn Hoan và Phó Chủ tịch UBND TPHCM Trần Thị Diệu Thúy làm Phó Trưởng Ban Thường trực.
Giám đốc Sở Nội vụ TPHCM Võ Ngọc Quốc Thuận làm Phó Trưởng ban, Thường trực chung và Thường trực công tác cải cách hành chính. Giám đốc Sở TT-TT Lâm Đình Thắng làm Phó Trưởng Ban, Thường trực công tác chuyển đổi số. Giám đốc Công an TPHCM Lê Hồng Nam làm Phó Trưởng Ban, Thường trực công tác thực hiện Đề án 06.
Ban Chỉ đạo có 4 ủy viên thường trực, gồm Chánh Văn phòng UBND TPHCM Đặng Quốc Toàn; Giám đốc Sở Tư pháp Nguyễn Thị Hồng Hạnh; Giám đốc Trung tâm Chuyển đổi số Võ Thị Trung Trinh; Phó Giám đốc Sở Nội vụ Phan Kiều Thanh Hương.
Ban Chỉ đạo có 27 thành viên là thủ trưởng các sở, ban, ngành, đại diện Thường trực HĐND TPHCM, đại diện Ban Thường trực Ủy ban MTTQ TPHCM; Chủ tịch UBND các quận, huyện, TP Thủ Đức…
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM xây dựng nội dung, chương trình, kế hoạch theo từng lĩnh vực công tác (Cải cách hành chính, Chuyển đổi số, thực hiện Đề án 06) trên địa bàn TPHCM phù hợp với các điều kiện đặc thù của thành phố và quy định pháp luật. Giúp UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, đôn đốc các sở, ban, ngành, UBND quận, huyện, TP Thủ Đức tổ chức triển khai có hiệu quả các nội dung, nhiệm vụ cải cách hành chính, chuyển đổi số, Đề án 06 của thành phố.
Bên cạnh đó, nghiên cứu, đề xuất UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM về chủ trương, chiến lược, cơ chế, chính sách tạo môi trường pháp lý thúc đẩy tiến trình cải cách hành chính, chuyển đổi số, thực hiện Đề án 06. Giúp UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM chỉ đạo, kiểm tra, đôn đốc, điều phối chung các sở, ban, ngành, địa phương trong việc thực hiện các chương trình, đề án, kế hoạch về cải cách hành chính, chuyển đổi số, thực hiện Đề án 06.
Ngoài ra, theo dõi, đề xuất UBND TPHCM, Chủ tịch UBND TPHCM khen thưởng các tập thể, cá nhân có thành tích xuất sắc và phê bình, xử lý đối với những tập thể, cá nhân có sai phạm, yếu kém đối với nhiệm vụ được giao.