Trước đó, Thanh tra TP đã tiến hành thanh tra và phát hiện một số sai phạm của Sở Y tế trong quản lý, chỉ đạo đối với hoạt động của Bệnh viện Mắt.
Cụ thể, Giám đốc Sở Y tế ban hành quy chế tổ chức và hoạt động của Bệnh viện Mắt, trong đó có Khoa Điều trị theo yêu cầu - Kỹ thuật cao (vào năm 2012) khi chưa được UBND TP chấp thuận chủ trương về việc thành lập Khoa Kỹ thuật cao là chưa đúng thẩm quyền, chưa đúng theo quy định của Bộ Y tế.
Ngoài ra, Sở Y tế hướng dẫn Bệnh viện Mắt về giá khám bệnh, chữa bệnh theo yêu cầu (vào năm 2013) chưa đúng theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh và Luật Giá.
Trước các kết luận này, tập thể lãnh đạo Sở Y tế đã kiểm điểm và “thành khẩn nhận thiếu sót, không né tránh, nghiêm túc rút kinh nghiệm trong thời gian tới”.
Về vụ việc này, Sở Nội vụ cũng có báo cáo nêu rằng, lãnh đạo Sở Y tế đã kiểm điểm nghiêm túc và rút kinh nghiệm về pháp lý của Khoa Kỹ thuật cao và hoạt động thu, chi của Bệnh viện Mắt. Lãnh đạo Sở Y tế cũng chủ động khắc phục các thiếu sót.
Từ đó, Sở Nội vụ kiến nghị UBND TP nghiêm khắc phê bình rút kinh nghiệm tập thể lãnh đạo Sở Y tế.
Báo cáo của Sở Nội vụ gửi cách đây hơn 6 tháng nhưng mới đây, Văn phòng UBND TP mới trình lãnh đạo UBND TP. Do đó, Phó Chủ tịch UBND TPHCM Huỳnh Cách Mạng cũng yêu cầu lãnh đạo Văn phòng UBND TP nghiêm túc rút kinh nghiệm; đồng thời chỉ đạo kiểm điểm chuyên viên trực tiếp thụ lý, do trình hồ sơ trễ hạn hơn 6 tháng.