Các tranh chấp, khiếu nại trong quản lý, vận hành, sử dụng nhà chung cư chủ yếu về quyền sở hữu chung, riêng, bàn giao kinh phí bảo trì, bàn giao hồ sơ nhà chung cư, quản lý vận hành chung cư, hoạt động của ban quản trị nhà chung cư, chủ đầu tư xây dựng không phép, xây dựng sai phép, chủ đầu tư tự ý chuyển đổi công năng một số hạng mục tại chung cư, ban quản trị tự ý chuyển đổi công năng phần diện tích sở hữu chung, vấn đề nghiệm thu công trình đưa vào sử dụng, vi phạm về phòng cháy chữa cháy…
Để giải quyết các tranh chấp này, Sở Xây dựng kiến nghị UBND TPHCM đề nghị Bộ Xây dựng điều chỉnh quy định pháp luật về cưỡng chế chủ đầu tư bàn giao kinh phí bảo trì 2% phần sở hữu chung theo hướng khởi kiện tại TAND như một vụ án dân sự. Sở Xây dựng cũng kiến nghị Bộ Xây dựng ban hành tiêu chuẩn, quy chuẩn xác định diện tích để xe đạp, xe cho người tàn tật, xe động cơ 2 bánh, ô tô để xác định phần diện tích sở hữu chung, riêng với nơi để xe trong hồ sơ thiết kế, cấp phép xây dựng, tránh phát sinh tranh chấp.
Ngoài ra, Sở Xây dựng cũng kiến nghị UBND TPHCM đề nghị Bộ Xây dựng có chế tài, mức phạt hành vi chủ đầu tư không đóng kinh phí quản lý vận hành, xem xét điều chỉnh các chung cư cũ thuộc sở hữu nhà nước mà chưa được cải tạo, xây dựng lại, chung cư thấp tầng, số căn hộ ít, không có thang máy thì không cần bầu Ban quản trị nhà chung cư.