Theo kết luận thanh tra, Trường THPT Bùi Thị Xuân (quận 1) trong năm học 2023- 2024 không dự toán thu - chi cụ thể cho từng nội dung thu, không công khai kế hoạch thu - chi của từng khoản thu đến cha mẹ học sinh trước khi tổ chức thực hiện.
Về nội dung thu và tên gọi các khoản thu, Trường THPT Bùi Thị Xuân đã thu gộp cả năm học đối với nội dung thu "tiền dịch vụ tiện ích ứng dụng công nghệ thông tin và chuyển đổi số" là chưa đúng quy định.
Ngoài ra, nhà trường còn xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ, chi từ nguồn thu tổ chức dạy học 2 buổi/ngày các nội dung chi trực tiếp, chi đều cho đội ngũ giáo viên nằm ngoài dự toán thu - chi là chưa phù hợp tính chất của nội dung thu được quy định.
Trong năm 2024, trường phát sinh nội dung chi từ nguồn thu tổ chức dạy các lớp ngoại ngữ, năng khiếu hơn 303 triệu đồng; tiền tổ chức dạy các lớp năng khiếu dinh dưỡng hơn 3,991 triệu đồng.

Theo kết luận thanh tra, nguồn thu trên không phát sinh trong năm 2024, nhưng trường chi từ nguồn thu tổ chức dạy các lớp ngoại ngữ, năng khiếu, tiền tổ chức dạy các lớp dinh dưỡng cho các hoạt động của trường khi không được quy định tại quy chế chi tiêu nội bộ năm 2024, chưa có dự toán chi là chưa đủ cơ sở để thực hiện chi.
Bên cạnh đó, nhà trường chi các nội dung trực tiếp từ nguồn thu tổ chức dạy học 2 buổi/ngày chưa đảm bảo nguyên tắc sử dụng các khoản thu phải đúng mục đích thu, đảm bảo nguyên tắc thu đủ - chi đủ, phù hợp tình hình thực tế của đơn vị theo nghị quyết của HĐND TPHCM.
Thanh tra Sở GD-ĐT đề nghị Trường THPT Bùi Thị Xuân thu hồi số tiền hơn 307 triệu đồng đã chi trong năm 2024 từ nguồn thu tiền tổ chức dạy các lớp ngoại ngữ, năng khiếu, tiền tổ chức dạy các lớp năng khiếu dinh dưỡng chưa được quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ năm 2024, chưa có dự toán chi, chờ hướng dẫn từ Phòng Kế hoạch - Tài chính (Sở GD-ĐT TPHCM).
Đối với kết luận thanh tra Trường THPT Phạm Phú Thứ (quận 6, TPHCM), năm học 2023-2024, đơn vị sử dụng tên các khoản thu thỏa thuận, thu hộ - chi hộ chưa đúng quy định tại Nghị quyết số 04/2023/NQ-HĐND (ngày 12-7-2023).
Cụ thể, một số khoản thu như "Luyện thi chứng chỉ Anh văn quốc tế IELTS", "Học phí hoạt động giáo dục tăng cường buổi 2"... không được quy định tại nghị quyết của HĐND TPHCM.
Năm học 2024-2025, Trường THPT Phạm Phú Thứ dự toán chưa đầy đủ các khoản thu thực tế của nhà trường, tên một số khoản thu chưa đúng quy định.
Kết luận thanh tra yêu cầu Hiệu trưởng Trường THPT Phạm Phú Thứ đảm bảo việc phân nhóm các khoản thu đúng theo quy định hiện hành, chỉ được tổ chức thu các khoản thu theo quy định.
Đặc biệt, việc chi trả thù lao cho bộ phận gián tiếp phải có kế hoạch phân công cụ thể, rõ ràng làm cơ sở thanh quyết toán thực tế đảm bảo đúng quy định.
Đối với các khoản thu thực tế phát sinh trong năm học, nhà trường phải điều chỉnh quy chế chi tiêu nội bộ, thực hiện dự toán đầy đủ đúng quy định.
Tại kết luận thanh tra Trường THCS-THPT Diên Hồng (quận 10), trường chưa triển khai đến phụ huynh, học sinh hoàn trả học phí công lập cho học sinh cấp THCS từ tháng 9 đến tháng 12-2023.
Năm học 2024-2025, nội dung biên bản họp với cha mẹ học sinh các lớp không rõ ràng, chưa thể hiện được sự thống nhất của cha mẹ học sinh đối với các khoản thu của trường, chưa thể hiện việc công khai kế hoạch thu - chi của từng khoản thu.
Bên cạnh đó, kế hoạch vận động tài trợ của trường chưa được Hội đồng trường thông qua, chưa gửi kết quả thực hiện các khoản tài trợ đến cơ quan cấp trên, kết quả thực hiện tài trợ không rõ ràng. Nhà trường chưa cập nhật tăng tài sản được tài trợ có nguyên giá từ 10 triệu đồng trở lên vào sổ tài sản cố định.
Thanh tra Sở yêu cầu Trường THCS-THPT Diên Hồng báo cáo đầy đủ kết quả thực hiện các khoản tài trợ năm học 2023-2024 đến nhà tài trợ, cơ quan cấp trên theo đúng quy định.
Riêng đối với Trường THPT quốc tế Việt Úc (quận Phú Nhuận), từ năm 2013, trường đã có tờ trình về việc tăng học phí kể từ năm học 2014-20215. Thời điểm đó, Sở GD-ĐT TPHCM có ý kiến: "Đồng ý chấp thuận cho trường có phương án điều chỉnh học phí và các khoản thu khác đảm bảo nguyên tắc thu đủ bù chi trên cơ sở có lộ trình phù hợp hàng năm, nhà trường có phương án cụ thể trình Sở GD-ĐT trước khi thực hiện".
Tuy nhiên, từ năm 2014 đến thời điểm thanh tra, Trường THPT quốc tế Việt Úc không thực hiện theo quy định của liên sở Tài chính và GD-ĐT quy định mức thu học phí tại trường; không thực hiện phương án điều chỉnh học phí và các khoản thu khác đảm bảo nguyên tắc thu đủ bù chi trên cơ sở có lộ trình phù hợp từng năm, trình Sở GD-ĐT trước khi thực hiện.
Thay vào đó, nhà trường tăng học phí một lần vào năm 2014 (tăng 14% so với năm 2013) cho đến nay.
Chánh Thanh tra Sở kiến nghị Giám đốc Sở GD-ĐT TPHCM đề nghị trường bổ sung phương án điều chỉnh đối với phần học phí tăng thêm 14% của năm 2014 và các khoản thu khác đảm bảo yêu cầu thu đủ bù chi.
Đồng thời, nhà trường phải lập phương án học phí và các khoản thu khác hàng năm trình Sở GD-ĐT trước khi thực hiện theo quy định.