Theo đề án, hiện chi phí logistics của một số ngành hàng tại TP khá cao, cụ thể ngành thủy hải sản có chi phí logistics chiếm 25%-30% tổng chi phí. Một trong những nguyên nhân khiến chi phí cao là do đường kết nối tại TP nói riêng và từ TP đi các vùng kinh tế trọng điểm phía Nam nói chung đang quá tải, thời gian di chuyển kéo dài.
Với tốc độ tăng trưởng hàng hóa cao, TP đang xây dựng đề án đề xuất xây dựng mới 5 tuyến đường sắt, trong đó chú trọng tuyến đường sắt tốc độ cao, gồm tuyến TPHCM - Mỹ Tho - Cần Thơ; TPHCM - Tây Ninh (định hướng kéo đến cửa khẩu Mộc Bài và Xa Mát), kết nối với đường sắt TPHCM - Mỹ Tho - Cần Thơ tại ga Tân Chánh Hiệp (TPHCM); đường sắt Thủ Thiêm - sân bay Long Thành (Đồng Nai) với điểm đầu tại ga Thủ Thiêm (quận 2); tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam, ưu tiên xây dựng trước đoạn tuyến có nhu cầu vận tải lớn như TPHCM - Nha Trang.
Cuối cùng là tuyến đường sắt đôi chuyên dụng kết nối từ đường sắt quốc gia đến cảng Hiệp Phước (TPHCM) và cảng quốc tế Long An.
