Dự án được thực hiện từ năm 2016 - 2020 do UBND TPHCM quản lý với tổng mức đầu tư 2.500 tỷ đồng.
Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch (Cơ sở 2) được xây dựng nhằm kết hợp với bệnh viện thực hành theo mô hình viện - trường, tăng cường đội ngũ giảng viên giỏi về lý thuyết và thực hành để mở rộng năng lực đào tạo vào nâng cao chất lượng đào tạo theo tiêu chuẩn của các nước tiên tiến trên thế giới. Qua đó cung cấp nguồn nhân lực đáp ứng nhu cầu cho ngành y tế TPHCM và các tỉnh, thành phía Nam cũng như cả nước, góp phần tích cực vào mục tiêu phát triển mạng lưới y tế quốc gia.
Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch trực thuộc UBND TPHCM. Từ trước đến nay, trường chỉ tuyển sinh thí sinh có hộ khẩu tại TPHCM. Kỳ tuyển sinh 2017 vừa qua là năm đầu tiên trường tuyển sinh cả thí sinh có hộ khẩu ngoài thành phố.
