Hiện sở đã phối hợp với đơn vị tư vấn (thuộc Trung tâm Chuyển đổi số của thành phố) hoàn thiện những thủ tục cuối cùng để chuẩn bị cho giai đoạn triển khai HSSKĐT. Trước mắt, Sở Y tế sẽ tạo lập dữ liệu ban đầu hồ sơ của người dân thành phố dựa trên nguồn dữ liệu tiêm vaccine Covid-19 và dữ liệu tiêm chủng mở rộng. Ngoài ra, dữ liệu sức khỏe của người dân thành phố sẽ được tích hợp vào sổ sức khỏe điện tử trên ứng dụng VNeID, khởi đầu là nguồn dữ liệu sức khỏe của người cao tuổi (hiện đã có trên 100.000 dữ liệu người cao tuổi).
Theo kế hoạch chương trình chuyển đổi số của TPHCM, dự kiến sẽ tạo lập dữ liệu ban đầu của HSSKĐT cho 90% người dân TPHCM. Về tạo lập dữ liệu sức khỏe trên HSSKĐT, thông tin sức khỏe của người dân trên HSSKĐT được tích hợp từ dữ liệu khám sức khỏe của người cao tuổi, dữ liệu khám chữa bệnh của các cơ sở khám chữa bệnh.