Đề án được phê duyệt trên quan điểm tài nguyên nước là tài sản công thuộc sở hữu toàn dân do Nhà nước đại diện chủ sở hữu và thống nhất quản lý phải được kiểm kê, thống kê về hiện vật, ghi nhận thông tin phù hợp với tính chất, đặc điểm của tài sản; được quản lý, bảo vệ, khai thác theo quy hoạch, kế hoạch, bảo đảm tiết kiệm, hiệu quả, đúng pháp luật.
Kiểm kê tài nguyên nước được thực hiện định kỳ, thống nhất trên phạm vi cả nước, phù hợp với kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội của đất nước và phù hợp với quy hoạch tổng thể điều tra cơ bản tài nguyên nước.
Mục tiêu chung của đề án là đưa ra các chỉ tiêu kiểm kê tài nguyên nước lần đầu các lưu vực sông liên tỉnh và trên phạm vi cả nước trên cơ sở thông tin, số liệu kiểm kê được thực hiện chính xác, đồng bộ, đúng thời gian.
Các số liệu kiểm kê về tài nguyên nước, khai thác sử dụng nước, xả nước thải vào nguồn nước là số liệu quan trọng phục vụ cho công tác quản lý nhà nước về tài nguyên nước, quy hoạch, điều hòa, phân bổ tài nguyên nước; làm cơ sở để hoàn thiện chính sách, pháp luật về tài nguyên nước và lập, điều chỉnh chiến lược, quy hoạch, kế hoạch khai thác sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước, hướng tới việc đảm bảo an ninh tài nguyên nước, phát triển kinh tế - xã hội và chuyển đổi số quốc gia, cung cấp dịch vụ công trực tuyến trong lĩnh vực tài nguyên nước.
Đồng thời, đề án còn hướng đến mục tiêu cụ thể là xây dựng được phần mềm quản lý, cập nhật, khai thác dữ liệu kiểm kê tài nguyên nước quốc gia; công bố được kết quả kiểm kê tài nguyên nước trong kỳ kiểm kê trên các lưu vực sông liên tỉnh và trên phạm vi cả nước.