Theo Tổng cục ĐBVN, có 2 phương án đã được đề xuất là phương án di dời trạm T2 về phía TP Cần Thơ qua ngã 3 Lộ Tẻ và phương án giữ nguyên trạm thu phí T2 tại Km50+050.
Qua phân tích cả hai phương án, Tổng cục ĐBVN nhận thấy, phương án 1 có nhược điểm tạo dư luận không tốt trong nhân dân, tạo tiền lệ xấu, ảnh hưởng đến tình hình chung của các dự án BOT trong cả nước, phát sinh chi phí giải phóng mặt bằng và chi phí xây dựng trạm mới... Phương án 2 có nhược điểm là chủ các phương tiện không nằm trong diện được miễn giảm giá dịch vụ có thể phản đối, gây rối tại trạm thu phí.
Để đảm bảo hài hòa lợi ích của Nhà nước, nhà đầu tư và người dân, Tổng cục ĐBVN đề xuất Bộ GTVT chủ trì làm việc với các ngân hàng cho nhà đầu tư điều chỉnh lại cơ cấu trả nợ gốc và giữ nguyên nhóm nợ cho nhà đầu tư. Khi đó, dự án chỉ tổ chức thu phí hoàn vốn tại trạm thu phí T1 (Km16+905).
Đến thời điểm dự án tuyến tránh TP Long Xuyên hoàn thành đưa vào sử dụng, các phương tiện qua khu vực đã có sự lựa chọn, sẽ tổ chức thu phí tại trạm thu phí T2 QL91 (Km50+050) để hoàn vốn cho dự án. Tổng cục ĐBVN sẽ thực hiện các giải pháp đẩy nhanh tiến độ thực hiện dự án tuyến tránh TP Long Xuyên.
Trước đó, Công ty cổ phần Đầu tư Quốc lộ 91 (Cần Thơ-An Giang) đã có đề nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các bộ, ngành liên quan có phương án nhận lại dự án và hoàn trả chi phí đầu tư để nhà đầu tư có nguồn vốn trả nợ ngân hàng, ổn định tình hình sản xuất kinh doanh.
Trường hợp Chính phủ không có phương án nhận lại dự án, nhà đầu tư đề nghị Chính phủ hỗ trợ dự án 880 tỷ đồng (gồm chi phí giải phóng mặt bằng khoảng 400 tỷ đồng và chi phí xây dựng Quốc lộ 91B khoảng 480 tỷ đồng). Dự án chỉ thực hiện thu phí tại trạm T1 để hoàn vốn đầu tư xây dựng Quốc lộ 91.
