Ngày 16-11-2015, Bộ Công thương ban hành quyết định điều chỉnh vốn điều lệ của Tổng Công ty Thuốc lá là 7.100 tỷ đồng. Đến nay Tổng Công ty Thuốc lá là Tổng Công ty Nhà nước hạng đặc biệt, hoạt động theo mô hình Công ty TNHH MTV do Nhà nước làm chủ sở hữu, nắm giữ 100% vốn điều lệ. Bộ Công thương là cơ quan đại diện chủ sở hữu nhà nước. Đến ngày 10-11-2018, Bộ Công thương bàn giao quyền đại diện chủ sở hữu sang Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp, Hội đồng thành viên Tổng công ty là đại diện chủ sở hữu trực tiếp tại doanh nghiệp.
Trụ sở Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam. Tổng Công ty đã xây dựng đồ án tái cơ cấu Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam giai đoạn 2012 -2015 và được phê duyệt. Có 9/10 khoản đầu tư đã thoái được 100% vốn; đã tổ chức, sắp xếp lại các công ty thuốc lá hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con. Tuy nhiên, theo TTCP, trong quá trình tổ chức thực hiện nhiệm vụ, doanh nghiệp trên còn một số tồn tại, hạn chế, thiếu sót, sai phạm.
Cụ thể, trong quản lý sử dụng vốn, tài sản. Một số công ty thành viên chưa ban hành quy chế quản lý sử dụng tài sản; chưa xây dựng định mức dự trữ hàng tồn kho; lượng hàng tồn kho lớn gây ứ đọng vốn, ảnh hưởng tới hoạt động sản xuất kinh doanh; chưa ban hành quy định về lựa chọn nhà thầu để áp dụng thống nhất trong các hoạt động bảo đảm tính liên tục cho sản xuất, kinh doanh thường xuyên của doanh nghiệp. Một số chi phí không phù hợp với hoạt động kinh doanh, phải loại khỏi chi phí khi xác định trị giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp bổ sung hơn 38,5 tỷ đồng. TTCP cũng kết luận, Công ty Thuốc lá Thăng Long giữ lại 73,072 tỷ đồng vốn bổ sung cho dự án đầu tư của 2 công ty thành viên (Thanh Hoá, Bắc Sơn) là chưa phù hợp với Quyết định 171/QĐ-TLVN của Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam.
Trong việc nhập thuốc lá nguyên liệu; trồng, chế biến nguyên liệu thuốc lá; sản xuất thuốc lá điếu; phân phối sản phẩm thuốc lá. TTCP cũng chỉ ra những sai phạm. Theo đó, hoạt động mua nguyên liệu thuốc lá còn một số tồn tại (mua nguyên liệu thuốc lá của người trồng theo hình thức mua xô; bán lại nguyên liệu thuốc lá khi không có giấy phép mua bán nguyên liệu; không tổ chức chào hàng cạnh tranh để quyết định giá mua nguyên liệu; hàng tồn kho lớn ảnh hưởng đến hiệu quả hoạt động sản xuất kinh doanh). Đáng chú ý, nguồn gốc một số nguyên liệu thuốc lá của doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung bán cho một số công ty thành viên có dấu hiệu hợp thức hóa nguyên liệu thuốc lá không hợp pháp. Sử dụng nguồn phát triển thị trường tổ chức đi nước ngoài, trong đó nhiều người không đúng với mục đích chuyến đi.
TTCP cũng cho rằng, Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam đã có sai phạm trong việc thực hiện góp vốn Dự án tại 152 Trần Phú, TPHCM. Theo đó, không thực hiện đánh giá lại tài sản là không đúng quy định về quản lý tài sản doanh nghiệp Nhà nước; làm trái chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, vi phạm pháp luật về chuyển nhượng tài sản doanh nghiệp do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ khi chuyển nhượng 31.000m2 tại 152 Trần Phú không xin phép Thủ tướng; không thực hiện đấu giá quyền sử dụng đất, có nguy cơ thất thoát tiền của Nhà nước, của doanh nghiệp.
TTCP khẳng định, chịu trách nhiệm đối với những vi phạm, khuyết điểm trên thuộc về Hội đồng thành viên, Chủ tịch HĐTV, Tổng Giám đốc, Ban Lãnh đạo Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam; Hội đồng thành viên, Chủ tịch HĐTV, Tổng Giám đốc, Ban Lãnh đạo Công ty TNHH MTV Thuốc lá Sài Gòn, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Thăng Long, Công ty TNHH HTV Thuốc lá Hải Phòng, Công ty TNHH MTV Viện thuốc lá; Giám đốc, Ban Lãnh đạo Công ty Xuất nhập khẩu thuốc lá, Công ty Thương mại Thuốc lá, Công ty Thương mại Miền Nam; người đại diện phần vốn Nhà nước tại Công ty cổ phần Ngân Sơn, Công ty cổ phần Hòa Việt…
Với những sai phạm trên, TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính chỉ đạo Tổng Cục Thuế kiểm tra việc kê khai và nộp thuế đối với các trường hợp thu mua nguyên liệu thuốc lá của các hộ nông dân được thực hiện bằng hình thức bảng kê để xác định giá tính thuế thu nhập doanh nghiệp phù hợp; xác định lại thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung do bảng kê mua nguyên liệu thuốc lá không phù hợp.
Bộ Công thương chỉ đạo rà soát hoạt động mua, bán nguyên liệu thuốc lá của Công ty cổ phần Hòa Việt, Công ty TNHH MTV Thuốc lá Sài Gòn, Công ty TNHH MTV Viện thuốc lá; xử lý kịp thời các trường hợp vi phạm trong hoạt động kinh doanh nguyên liệu thuốc lá.
TTCP cũng kiến nghị Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp chủ trì cùng Bộ Tài chính, UBND TPHCM, Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam và các bộ, ngành liên quan thu hồi cơ sở nhà đất có diện tích 31.000m2 tại 152 Trần Phú (TPHCM) và xử lý các phát sinh trong quá trình thu hồi cơ sở nhà đất này. Trong quá trình thực hiện nếu phát hiện dấu hiệu tội phạm hoặc đến ngày 31-12-2023 chưa thực hiện được việc thu hồi thì chuyển cơ quan điều tra, Bộ Công an để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
TTCP đề nghị Tổng Công ty Thuốc lá Việt Nam chỉ đạo các đơn vị thành viên thực hiện nộp số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tính thiếu do một số khoản chi không được giảm trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (chi không phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh; chi phí vượt định mức tiêu hao nguyên vật liệu; chi hỗ trợ tiền lương cho nhà phân phối; chi hỗ trợ khách hàng cấp 3), số tiền hơn 38,5 tỷ đồng.
TTCP kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Công an điều tra, xác minh, làm rõ những vụ việc mua bán nguyên liệu của doanh nghiệp tư nhân Tuấn Dung có dấu hiệu của tội “Trốn thuế” theo Điều 200 Bộ Luật hình sự 2015.
