Đến nay, toàn thành phố có 44 BQL dự án đầu tư xây dựng. Trong đó, có 9 BQL trực thuộc UBND TP; 11 BQL thuộc 8 sở, ngành, đơn vị; BQL đầu tư xây dựng công trình tại 24 quận - huyện là đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ. Một số sở, ngành không có BQL đầu tư xây dựng nhưng có thực hiện chức năng, nhiệm vụ về quản lý dự án đầu tư, xây dựng, như các Khu Quản lý giao thông đô thị số 1, 2, 3, 4 thuộc Sở GTVT, Khu Quản lý giao thông đường thủy, Trung tâm Khai thác hạ tầng trực thuộc BQL Khu Nông nghiệp công nghệ cao...
Tương ứng với số BQL trên có 43 trưởng ban, 92 phó ban, 213/255 biên chế được giao (cơ quan hành chính), 672/696 người (đơn vị sự nghiệp chưa tự chủ) và 238 người (đơn vị sự nghiệp tự chủ). Hiện các BQL đang quản lý 3.101 dự án với tổng vốn hơn 323.000 tỷ đồng.
Với chừng ấy BQL, đơn vị nào cũng có gần như đủ các phòng ban khiến bộ máy cồng kềnh, nhiều đầu mối, nguồn vốn đầu tư cho các dự án dàn trải, phân tán. Nhiều dự án lâm vào tình trạng thiếu vốn phải hoãn, giãn tiến độ, dẫn tới tăng mức đầu tư; việc thanh, quyết toán kéo dài, công trình triển khai dở dang, chậm được đưa vào sử dụng, khai thác khiến hiệu quả đầu tư thấp. Việc chống ngập nước chưa hiệu quả của TP trong thời gian qua là minh chứng rõ nhất cho sự trùng lặp về chức năng, nhiệm vụ.
Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước TP là đơn vị sự nghiệp công lập nhưng phần lớn nhiệm vụ được giao lại là thực hiện quản lý nhà nước về chống ngập nước. Trong khi đó, Sở GTVT mới là cơ quan chuyên môn được UBND TP giao thực hiện chức năng quản lý nhà nước về thoát nước. Vì không có chức năng quản lý nhà nước cho nên Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước không thể kiểm tra, xử phạt các hành vi xâm hại, lấn chiếm hệ thống thoát nước gây ảnh hưởng rất lớn đến việc chống ngập. Việc thành lập các BQL dự án qua nhiều thời kỳ khác nhau nên có sự chồng chéo, làm nảy sinh một số khó khăn: Đầu mối quản lý nhiều làm giảm hiệu quả; có nơi, cán bộ hạn chế trình độ chuyên môn, chưa đáp ứng được nhu cầu.
TPHCM đang có chủ trương sắp xếp lại các BQL dự án nhằm khắc phục tình trạng dàn trải, chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ. Đây là chủ trương đúng, và rất cần được khẩn trương thực hiện. Nhiều chuyên gia cho rằng, việc cần làm đầu tiên để nâng cao hiệu quả hoạt động của các BQL dự án sau khi sáp nhập là áp dụng công nghệ trong quản trị nhân sự, quản lý công việc, giảm số lượng trung gian; thực hiện chuyên môn hóa các bộ phận công việc và huy động mọi người làm việc theo nhóm để tăng hiệu quả, hiệu suất lao động. Khi đã có quy trình chuẩn trong điều hành, sẽ có cơ sở tinh giản số lượng người theo hướng tinh gọn bộ máy mà vẫn bảo đảm hiệu quả công việc...