Hội đồng xét xử (HĐXX) đã tuyên phạt các bị cáo: Nguyễn Hữu Hoàng (nguyên Chi cục trưởng CCHQ Cửa khẩu Bắc Đai) với 2 năm 5 tháng tù; Thái Sơn Hải (nguyên Phó Chi cục trưởng CCHQ cửa khẩu Bắc Đai) 2 năm 5 tháng 14 ngày tù; Đinh Hồng Lĩnh (nguyên Phó Chi cục trưởng CCHQ Cửa khẩu Bắc Đai) 2 năm 5 tháng tù; 2 bị cáo Dương Hoàng Yến (nguyên Chi cục trưởng Chi cục Thuế huyện An Phú) và Võ Văn Ngoan (nguyên Chi cục Phó Chi cục Thuế huyện An Phú) cùng hình phạt 2 năm tù treo. Những bị cáo còn lại trong nhóm này bị phạt từ 2 năm 5 tháng tù đến 3 năm 2 tháng tù. Đối với bị cáo Lương Huỳnh Long (nguyên cán bộ công tác ở Cục Thuế tỉnh An Giang) được miễn trách nhiệm hình sự.
HĐXX cũng tuyên phạt bị cáo cầm đầu trong vụ án này là Phạm Thanh Dũng (SN 1969, ngụ xã Khánh An, huyện An Phú; nguyên Giám đốc Công ty Tân Thành Lợi) với mức án 16 năm tù, đồng thời bồi thường số tiền hơn 35 tỷ đồng. Có 5 bị cáo khác cùng bị truy tố với bị cáo Dũng về tội "Lừa đảo chiếm đoạt tài sản", gồm có Nguyễn Dân An và Nguyễn Minh Hiếu bị phạt 12 năm tù; Lê Thị Kim Anh, Trần Thanh Bình và Mai Chí Dũng cùng bị phạt 7 năm tù…
Theo cáo trạng, lợi dụng chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng của Nhà nước, từ tháng 12-2010 đến tháng 12-2013, Phạm Thanh Dũng có hành vi gian dối sử dụng pháp nhân của các Công ty Tân Thành Lợi, Tân Thành Lợi An Phú, Tân Thành Lợi Kim, trực tiếp mua hoặc chỉ đạo cho các đối tượng khác mua 1.875 hóa đơn giá trị gia tăng “khống”, của các doanh nghiệp trong nước. Sau đó, Dũng và các đồng phạm liên lạc với những cán bộ trong ngành hải quan và ngành thuế, nhằm ký xác nhận theo thủ tục, lập hồ sơ xuất khẩu hàng hóa khống, không đúng thực tế để xin hoàn thuế GTGT…
Bằng thủ đoạn này, bị cáo Phạm Thanh Dũng đã thực hiện chiếm đoạt ngân sách nhà nước với tổng số tiền lên đến 35 tỷ đồng.