Thanh tra Chính phủ nhận xét Bộ GD-ĐT còn chậm khi xây dựng, rà soát và điều chỉnh các tiêu chuẩn, quy chuẩn, định mức kinh tế kỹ thuật trong giáo dục, chưa đáp ứng được yêu cầu đổi mới giáo dục.
Đội ngũ nhà giáo và cán bộ quản lý còn nhiều bất cập, cơ cấu không hợp lý, trình độ không đồng đều, chưa đáp ứng được yêu cầu, chất lượng giáo dục. Chưa hoàn thành được quy hoạch mạng lưới các trường đại học, cao đẳng, trong đó có mạng lưới các trường sư phạm.
Việc tham mưu cho Chính phủ và ban hành bổ sung chính sách (về lương, chế độ phụ cấp thâm niên và phụ cấp khác theo tính chất, kết quả và chất lượng công việc, phù hợp với vùng miền, chế độ ưu đãi đối với giảng viên, giáo viên, nhà giáo làm công tác quản lý) còn chậm. Việc thực hiện chế độ lương, phụ cấp đối với nhà giáo còn tồn tại nhiều bất cập, ảnh hưởng trực tiếp đến đời sống, tâm lý, chất lượng của viên chức giáo dục…
Theo Thanh tra Chính phủ, trách nhiệm để xảy ra những thiếu sót này thuộc về lãnh đạo Bộ GD-ĐT và các đơn vị trực thuộc có liên quan; yêu cầu Bộ GD-ĐT khắc phục những thiếu sót trên bằng cách phối hợp với Bộ Tài chính, Bộ Nội vụ và đề xuất lên Thủ tướng Chính phủ để ban hành chính sách tiền lương theo vị trí việc làm, trình độ đào tạo, phụ cấp thâm niên.