Khó khăn hiện nay, công tác thu xếp tài chính cho dự án bị chậm trễ và có thay đổi so với kế hoạch, pháp lý ban đầu của dự án do các nhà tài trợ thay đổi điều kiện cho vay và quy trình xem xét cung cấp các khoản vay ODA.
Nguyên nhân do các dự án đầu tư công có quy mô và tổng mức đầu tư rất lớn nên thuộc tiêu chí dự án quan trọng quốc gia hoặc trong quá trình triển khai xuất hiện tiêu chí dự án quan trọng quốc gia nên trình tự, thủ tục phê duyệt chủ trương, điều chỉnh chủ trương đầu tư, phê duyệt dự án và điều chỉnh dự án phức tạp, kéo dài. Quy trình vay vốn ODA từ nhiều nhà tài trợ khác nhau cần nhiều thời gian để hoàn thiện các thủ tục về đàm phán, ký kết khoản vay và lấy ý kiến trong quá trình triển khai dự án với từng nhà tài trợ. Thời gian chuẩn bị và thực hiện dự án kéo dài, số vốn cam kết của các nhà tài trợ khó đảm bảo; việc tính toán chi phí đầu tư cho dự án phải thay đổi nhiều do thời gian kéo dài và trượt giá dẫn đến "đội vốn" qua các bước thực hiện. Bên cạnh đó, việc các văn bản quy phạm pháp luật thay đổi trong quá trình thực hiện dự án, dẫn đến việc phải điều chỉnh hoặc thực hiện lại các thủ tục mất nhiều thời gian và tốn kém chi phí dự án.
Cùng với đó, hệ thống quy chuẩn, tiêu chuẩn, định mức, đơn giá vật tư, thiết bị chuyên ngành về lĩnh vực đường sắt đô thị ở Việt Nam chưa đồng bộ và đầy đủ, ít dự án để tham chiếu nên khó khăn trong việc quản lý đầu tư xây dựng. Công tác bồi thường, giải phóng mặt bằng và di dời các công trình hạ tầng kỹ thuật gặp nhiều khó khăn là một trong các nguyên nhân chính phát sinh chi phí cam kết với các nhà thầu, nhà tài trợ phát sinh chi phí quản lý dự án và ảnh hưởng đến tiến độ dự án. Việc triển khai và thực hiện dự án đường sắt đô thị trong bối cảnh phải hài hòa các thủ tục, quy định của các nhà tài trợ và pháp luật Việt Nam. Cụ thể phát sinh các điều chỉnh liên quan về hợp đồng (hình thức, giá trị và các phát sinh phụ lục), điều chỉnh khối lượng công việc, nhà thầu, đơn vị tư vấn phù hợp yêu cầu của nhà tài trợ và phù hợp quy định hiện hành.
Trong khi đó, mỗi dự án đường sắt đô thị sử dụng tiêu chuẩn công nghệ khác nhau phụ thuộc vào nhà tài trợ vốn ODA, điều này gây bất lợi trong việc kêu gọi đầu tư, đào tạo chuyển giao công nghệ và chi phí vận hành bảo dưỡng.
Theo quy hoạch phát triển giao thông vận tải Thành phố đến năm 2020 và tầm nhìn sau năm 2020, hệ thống đường sắt đô thị Thành phố với tổng chiều dài khoảng 220km, gồm: 8 tuyến xuyên tâm và vành khuyên nối các trung tâm chính của thành phố; 3 tuyến xe điện mặt đất hoặc đường sắt một ray (Tramway hoặc Monorail). Theo Đồ án Điều chỉnh quy hoạch chung Thành phố đến năm 2040, tầm nhìn đến năm 2060, hệ thống đường sắt đô thị Thành phố được điều chỉnh với tổng chiều dài khoảng 582 km, gồm 12 tuyến, trong đó có 8 tuyến Metro xuyên tâm, 2 tuyến Metro vành đai, 1 nhánh tàu ngoại ô và 1 tuyến Tramway/LRT dọc đại lộ Võ Văn Kiệt và sông Sài Gòn.
Hiện nay, ngoài tuyến đường sắt đô thị số 1 Bến Thành - Suối Tiên và tuyến Metro số 2 Bến Thành - Tham Lương đang triển khai xây dựng. Các tuyến còn lại đã được triển khai lập dự án đầu tư từ năm 2008 theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ tại Thông báo số 55/TB-VPCP ngày 5-3-2008. Kết quả nghiên cứu của tư vấn (về hướng tuyến, quy mô, vị trí nhà ga, ranh chiếm dụng công trình...) được sử dụng để quản lý quy hoạch xây dựng và xúc tiến đầu tư.
