Giá trị sản xuất giai đoạn 2013-2016 tăng trung bình 4,48%/năm; riêng năm 2016 chỉ tăng 2,9%, giảm 1,58% giá trị sản xuất trung bình của cả giai đoạn.
Nguyên nhân chủ yếu, theo Bộ trưởng là do ảnh hưởng nặng nề của thiên tai và sự cố ô nhiễm môi trường biển ở 4 tỉnh miền Trung. Kim ngạch xuất khẩu thủy sản bình quân giai đoạn 2013-2016 đạt 7,04 tỷ USD/năm, tăng 15,6% so với năm 2012.
Tính riêng hải sản, trữ lượng trung bình giai đoạn 2011-2015 của các nhóm nguồn lợi hải sản chủ yếu gồm cá, tôm, cua, ghẹ, mực, bạch tuộc... ở biển Việt Nam ước tính khoảng 4,36 triệu tấn (dao động từ 4,1 đến 4,6 triệu tấn, chưa bao gồm: Nguồn lợi hải sản trong các hệ sinh thái vùng ven biển, nguồn lợi hải sản tầng đáy ở vùng dốc thềm lục địa, vùng biển sâu từ 200m trở ra và các gò nổi).
Mặc dù công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản đã từng bước được thiết lập và hoạt động có hiệu quả, song theo người đứng đầu ngành NN-PTNT, hiện vẫn có tình trạng chưa kiểm soát được số lượng tàu thuyền, tình trạng khai thác bằng ngư cụ hủy diệt, chất nổ, xung điện, đánh bắt cá con, các loài đang trong thời kỳ sinh đẻ (mực, cá, ghẹ có trứng), môi trường gần bờ đang bị ô nhiễm đã và đang làm nguồn lợi hải sản bị tổn thương và suy giảm mạnh.
Trong khi ý thức chấp hành pháp luật của ngư dân lĩnh vực bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản còn hạn chế; chế tài xử lý vi phạm hành chính còn nhẹ chưa đủ tính răn đe; hệ thống thanh tra chuyên ngành thủy sản chưa được kiện toàn thì hệ thống văn bản pháp lý về bảo tồn biển, bảo tồn vùng nước nội địa chưa thống nhất, chưa phù hợp và đặc biệt là vẫn thiếu chính sách hỗ trợ sinh kế, chuyển đổi nghề, chính sách khuyến khích đầu tư cho các khu bảo tồn; nguồn lực đầu tư cho công tác bảo tồn còn rất ít.
Để khắc phục những tồn tại, hạn chế nêu trên, Bộ NN-PTNT sẽ tập trung thực hiện công tác điều tra, đánh giá nguồn lợi ở các vùng biển, xác định các ngư trường trọng điểm và đối tượng khai thác làm căn cứ để đưa ra định hướng phát triển đội tàu khai thác phù hợp.
Một giải pháp mạnh khác cũng đã được Bộ này dự kiến là thiết lập vùng cấm, hạn chế khai thác để bảo vệ các bãi đẻ, bãi giống tự nhiên; tăng cường kiểm tra, kiểm soát và xử lý nghiêm, kịp thời các hoạt động khai thác thủy sản vi phạm pháp luật, đặc biệt là các hoạt động khai thác mang tính hủy diệt (xung điện, chất nổ), sử dụng các ngư cụ cấm khai thác.