Theo quyết định, Thủ tướng Chính phủ giữ vai trò Trưởng Ban Chỉ đạo. Các Phó Trưởng ban gồm: Bộ trưởng Bộ Quốc phòng (Phó Trưởng ban Thường trực), Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ trưởng Bộ Y tế.
Thành viên Ban Chỉ đạo là lãnh đạo các bộ, ngành liên quan, đại diện Liên hiệp các tổ chức hữu nghị Việt Nam và lãnh đạo Cục Khoa học quân sự (Bộ Quốc phòng).
Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ tham mưu cho Thủ tướng Chính phủ về chủ trương, định hướng, giải pháp liên ngành nhằm xử lý hiệu quả hậu quả bom mìn, chất độc hóa học còn tồn đọng sau chiến tranh; đồng thời huy động nguồn lực trong nước và quốc tế để triển khai các nhiệm vụ này.
Cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo đặt tại Bộ Quốc phòng, do Thứ trưởng Bộ Quốc phòng kiêm Ủy viên Thường trực Ban Chỉ đạo phụ trách.
