Theo quyết định trên, GS-TS Trần Văn Thuấn, Thứ trưởng Bộ Y tế kiêm nhiệm giữ chức vụ Chủ tịch Hội đồng Y khoa quốc gia.
GS-TS Nguyễn Viết Tiến, Phó Chủ tịch Tổng hội Y học Việt Nam, nguyên Thứ trưởng Bộ Y tế giữ chức vụ Phó Chủ tịch Thường trực Hội đồng, hoạt động chuyên trách. TS Hà Anh Đức, Cục trưởng Cục Quản lý khám, chữa bệnh, Bộ Y tế kiêm nhiệm giữ chức vụ Phó chủ tịch Hội đồng. TS Nguyễn Ngô Quang, Cục trưởng Cục Khoa học công nghệ và Đào tạo, Bộ Y tế kiêm nhiệm giữ chức vụ Phó chủ tịch Hội đồng.
Hội đồng Y khoa quốc gia là tổ chức có chức năng đánh giá độc lập năng lực hành nghề khám, chữa bệnh.