Theo đó, 2 tuyến cao tốc này sẽ thí điểm thu phí theo mô hình đầu vào ETC đa làn tự do (không có barie), đầu ra ETC đơn làn (có barie) và không có làn thu phí hỗn hợp. Giá long môn và thiết bị sẽ được lắp đặt tại vị trí phân làn để nhận diện xe.
Cụ thể, đoạn Nha Trang - Cam Lâm sẽ có 4 trạm thu phí trên tuyến nhánh và 1 giá long môn tại Km53+600. Trong đó, 4 trạm thu phí Diên Khánh, Suối Dầu, Cam Lâm, Cam Ranh trên tuyến nhánh được thiết kế mô hình đầu vào ETC đơn làn tự do (một làn, không có barie), đầu ra ETC đơn làn (2 làn, có barie).
Đoạn tuyến Cam Lâm - Vĩnh Hảo sẽ có 3 trạm thu phí tại các nút giao và bổ sung 1 trạm thu phí tạm vị trí cuối tuyến. Trong đó, trạm thu phí nút giao Du Long và 2 trạm thu phí nút giao Phan Rang được thiết kế với mô hình thu phí đầu vào ETC đa làn tự do (2 làn, không có barie), đầu ra ETC đơn làn (2 làn, có barie).
Trạm thu phí tạm cuối tuyến thiết kế tạm thời đầu vào ETC đa làn tự do (2 làn, không có barie), đầu ra ETC đơn làn (2 làn, có barie) cùng với giải pháp thiết kế tổ chức giao thông theo phương án tạm thời, bảo đảm sẵn sàng tháo dỡ, di dời, tiết kiệm chi phí đầu tư khi đoạn tuyến Vĩnh Hảo - Phan Thiết tổ chức thu phí.
Cục Đường bộ Việt Nam yêu cầu chủ đầu tư các dự án cao tốc dự kiến các tình huống có thể xảy ra và phương án xử lý; xây dựng quy chế phối hợp với các đơn vị vận hành, nhà cung cấp dịch vụ thu phí, đơn vị lắp đặt hệ thống trong giai đoạn thí điểm.
Theo lộ trình triển khai hệ thống thu phí ETC của Bộ GTVT: giai đoạn 1 (2016 - 2023), các trạm thu phí vẫn có barie, tài khoản có đủ tiền, barie mới mở; giai đoạn 2 (2024-2025), không còn barie, phương tiện lưu thông đơn làn tự do qua trạm thu phí; giai đoạn 3 từ năm 2026 trở đi, tại trạm thu phí chỉ còn duy trì giá long môn có gắn thiết bị thu phí, các phương tiện lưu thông đa làn tự do qua trạm thu phí.
Như vậy, mô hình của trạm thu phí dự án cao tốc Nha Trang - Cam Lâm và Cam Lâm - Vĩnh Hảo mới ở mức tiệm cận giai đoạn 2, bỏ barie ở lối vào nhưng vẫn duy trì để kiểm soát phương tiện ở đầu ra.