Bên cạnh những kết quả đạt được, xuất khẩu vẫn còn những hạn chế, tồn tại và đứng trước nhiều khó khăn, thách thức.
Tăng trưởng xuất khẩu dễ bị tác động bởi các yếu tố bên ngoài, còn phụ thuộc nhiều vào khối doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và chủ yếu dựa vào nhóm hàng điện thoại, máy vi tính, điện tử; sản xuất một số mặt hàng nông - thủy sản còn manh mún, tự phát; chất lượng nông - thủy sản chưa đồng đều...
Cụ thể, các bộ ngành, địa phương tiếp tục đẩy mạnh triển khai các giải pháp đã đề ra tại các Nghị quyết số 19/NQ-CP của Chính phủ, Nghị quyết số 35/NQ-CP của Chính phủ và các giải pháp nhằm cải cách thủ tục hành chính, cải thiện môi trường đầu tư kinh doanh; tháo gỡ các nút thắt đối với hoạt động sản xuất, chế biến, xuất khẩu, tạo thuận lợi để thúc đẩy xuất khẩu.
Các bộ ngành khẩn trương xem xét lại một số quy định đối với sản xuất và nhập khẩu nguyên phụ liệu phục vụ sản xuất, chế biến để tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất của doanh nghiệp.
Đối với Bộ Tài chính, Chính phủ giao có giải pháp giảm thời gian xem xét hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) để giúp doanh nghiệp giảm chi phí; nghiên cứu, đề xuất hướng xử lý đối với các quy định về hoàn thuế VAT đối với hàng xuất khẩu dựa trên tỷ trọng tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng trong giá thành sản phẩm.
Đồng thời, xem xét đề xuất sửa đổi quy định tại Nghị định số 134/2016/NĐ-CP của Chính phủ theo hướng miễn thuế đối với phần nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu được cơ sở sản xuất đưa đi gia công tại cơ sở khác và đối với phế liệu, phế phẩm từ nguồn nhập khẩu dư thừa sau sản xuất hàng xuất khẩu, trên cơ sở bình đẳng giữa loại hình sản xuất hàng xuất khẩu và loại hình gia công.
Đồng thời, Bộ Tài chính xem xét đề xuất các quy định về ưu đãi thuế thu nhập của doanh nghiệp chế biến lâm sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn, theo hướng có chính sách hỗ trợ doanh nghiệp chế biến lâm sản tương tự như đối với doanh nghiệp nông - thủy sản.
Giao Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với các bộ ngành thúc đẩy việc triển khai cơ chế Một cửa Quốc gia, cơ chế Một cửa ASEAN; rà soát, áp mã HS cho toàn bộ danh mục hàng hóa xuất nhập khẩu thuộc diện quản lý và kiểm tra chuyên ngành nhằm nâng cao tính minh bạch và hỗ trợ doanh nghiệp giảm bớt thời gian làm thủ tục xuất nhập khẩu.
Ngoài ra, cần chủ trì, phối hợp với Bộ Công thương xem xét việc bổ sung kinh phí cho các hoạt động xúc tiến thương mại để tương xứng với kim ngạch xuất khẩu cũng như tiềm năng xuất khẩu.