Theo đó, lượng chất thải rắn y tế nguy hại phát sinh tại các cơ sở y tế trên toàn thành phố ước khoảng gần 30 tấn/ngày, chủ yếu tập trung là kim loại, vỏ hộp kim loại, kim tiêm, ống tiêm, các bệnh phẩm sau mổ, rác hữu cơ, đất đá và các loại vật rắn khác.
Khảo sát gần đây của Trung tâm Y tế dự phòng TPHCM cho thấy, hầu hết các bệnh viện trong thành phố đều thực hiện phân loại và thu gom rác thải từ các khoa, phòng theo quy định của Bộ Y tế. Tuy nhiên tại một số bệnh viện, các phương tiện dùng cho phân loại (túi, thùng chứa) chưa được trang bị đầy đủ, đúng tiêu chuẩn. Riêng tại các trạm y tế xã phường và phòng khám tư nhân, việc phân loại chất thải y tế còn chưa được quan tâm đúng mức và thường bị bỏ chung cùng với rác thải sinh hoạt.
Liên quan đến vấn đề này, về phía Sở Y tế TPHCM đã đề nghị các cơ sở y tế thực hiện phân loại rác thải tại nguồn trước khi chuyển giao cho đơn vị liên quan. Sở TN-MT đã yêu cầu các đơn vị có chức năng thu gom rác thải y tế là Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị và công ty dịch vụ công ích quận huyện đảm bảo tiêu chuẩn kỹ thuật trong quá trình thu gom.
Theo đó, Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị tổ chức thu gom tại nguồn cơ sở y tế quy mô lớn như các bệnh viện công và tư, phòng khám đa khoa, chuyên khoa và chịu trách nhiệm thu gom tại các điểm tập trung chuyển đến nhà máy xử lý. Các công ty dịch vụ công ích quận huyện tổ chức thu gom trên địa bàn quận huyện, chủ yếu là từ cơ sở y tế nhỏ lẻ như phòng mạch, phòng điều dưỡng, phòng hộ sinh (tư nhân), phòng khám nha khoa, nhà thuốc…
Toàn bộ lượng rác thải y tế thu gom được sẽ giao cho Công ty TNHH MTV Môi trường đô thị xử lý bằng công nghệ đốt tiêu hủy, với 2 lò đốt đang hoạt động: Lò đốt Hoval công suất 7 tấn/ngày tại Bình Hưng Hòa (quận Bình Tân) và lò đốt công suất 21 tấn/ngày hoạt động tại công trường Đông Thạnh (huyện Hóc Môn).
Hiện trạng thu gom, vận chuyển, tỷ lệ thu gom chất thải rắn y tế trên địa bàn toàn thành phố đạt 95,6%. Tỷ lệ 4,4% chất thải y tế không được thu gom tập trung vào các phòng khám nhỏ lẻ. Lượng chất thải y tế này được thu gom chung với chất thải rắn sinh hoạt và được vận chuyển về bãi chôn lấp để xử lý.
