Trung tâm được thành lập trên cơ sở tổ chức lại 4 Khu Quản lý giao thông đô thị, Trung tâm Quản lý đường hầm sông Sài Gòn thuộc Sở Giao thông vận tải và Trung tâm Điều hành Chương trình Chống ngập nước TP sau khi thực hiện chuyển giao một số chức năng quản lý nhà nước về cấp nước, thoát nước đô thị; chiếu sáng đô thị; công viên, cây xanh đô thị; chức năng khai thác, duy tu, bảo trì các công trình về chiếu sáng đô thị; công viên, cây xanh đô thị từ Sở Giao thông Vận tải TPHCM sang Sở Xây dựng TPHCM. Trụ sở trung tâm đặt tại số 3, đường 3 tháng 2, quận 10, TPHCM.
Trung tâm trực thuộc Sở Xây dựng TPHCM, chịu sự quản lý và lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Giám đốc Sở Xây dựng và có trách nhiệm phối hợp với các phòng chuyên môn, đơn vị sự nghiệp trực thuộc sở để hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Trung tâm là đơn vị sự nghiệp công lập, được Nhà nước đảm bảo kinh phí hoạt động, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, trụ sở riêng, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và các ngân hàng để hoạt động theo quy định của pháp luật.
