Theo đó, Trung tâm cách ly tập trung chịu sự chỉ đạo, quản lý, điều hành trực tiếp của Ban Chỉ đạo phòng chống bệnh viêm đường hô hấp cấp do chủng mới virus Corona (Covid-19) của TPHCM, đồng thời chịu sự chỉ đạo về chuyên môn nghiệp vụ của Sở Y tế và Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh, Đại học Quốc gia TPHCM.
Trung tâm cách ly tập trung này có chức năng tiếp nhận, khám, sàng lọc, theo dõi, tư vấn những người được cách ly tập trung theo quy đinh tại Nghị định số 101/2010/NĐ-CP ngày 30-9-2010 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Phòng chống bệnh truyền nhiễm về áp dụng biện pháp cách ly y tế, cưỡng chế cách ly y tế và chống dịch đặc thù trong thời gian có dịch.
Sở Y tế phối hợp cùng Trung tâm Giáo dục Quốc phòng và An ninh, Đại học Quốc gia TPHCM và các đơn vị có liên quan bố trí nhân lực, trang thiết bị, vật tư, hóa chất, phương tiện để thiết lập Trung tâm cách ly tập trung theo đúng hướng dẫn của Bộ Y tế và chỉ đạo của UBND TPHCM; tổ chức huy động lực lượng cán bộ, nhân viên chuyên môn y tế từ các cơ sở khám, chữa bệnh trên địa bàn thành phố và các nhân viên hỗ trợ làm công tác hậu cần, hành chính để bố trí nhân lực phù hợp với quy mô của Trung tâm cách ly tập trung.
Giám đốc Sở Y tế quyết định điều động, bổ nhiệm cán bộ, công chức, viên chức của ngành y tế có kinh nghiệm về công tác phòng chống dịch bệnh giữ chức vụ Trưởng, Phó khoa, phòng Trung tâm cách ly tập trung.
Về kinh phí hoạt động của Trung tâm cách ly tập trung, Giám đốc Sở Tài chính cân đối từ nguồn ngân sách của thành phố đảm bảo cho tất cả các hoạt động trước, trong và sau khi thành lập Trung tâm cách ly tập trung.
Trụ sở làm việc của trung tâm được đặt tại đường Bắc Nam, Khu Quy hoạch Đại học Quốc gia TPHCM, xã Đông Hòa, huyện Dĩ An, tỉnh Bình Dương.