Theo hướng dẫn, đối với các tỉnh, thành phố sau khi sắp xếp, sáp nhập, sẽ thành lập Sở Y tế mới trực thuộc UBND cấp tỉnh, thành phố. Sở Y tế mới được hình thành trên cơ sở sáp nhập các Sở Y tế hiện có của các địa phương trước khi thực hiện sắp xếp. Sở này là cơ quan chuyên môn thuộc UBND tỉnh, thành phố, thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn theo quy định tại Thông tư số 37/2021/TT-BYT ngày 31-12-2021 của Bộ Y tế, đồng thời kế thừa một số nhiệm vụ về bảo trợ xã hội, phòng, chống tệ nạn xã hội, trẻ em trước đây do Sở Lao động – Thương binh và Xã hội đảm nhiệm.
Bộ Y tế cũng hướng dẫn việc sắp xếp các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Y tế. Cụ thể, trên cơ sở rà soát, đánh giá hiệu quả hoạt động, chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn, Giám đốc Sở Y tế sau sắp xếp sẽ tham mưu UBND tỉnh, thành phố quyết định giữ nguyên, giải thể hoặc tổ chức lại các đơn vị sự nghiệp theo hướng sáp nhập, chia tách hoặc điều chỉnh tên gọi, chức năng, nhiệm vụ. Nguyên tắc chung là bảo đảm duy trì, không làm gián đoạn việc cung cấp dịch vụ y tế cơ bản và thiết yếu tại địa phương.
Các cơ sở khám, chữa bệnh (đa khoa, chuyên khoa, khu vực), cơ sở bảo trợ xã hội, trợ giúp xã hội cơ bản sẽ được duy trì để tiếp tục đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe, hỗ trợ xã hội cho người dân, nhất là các nhóm yếu thế.
Với các đơn vị sự nghiệp khác như Trung tâm Kiểm soát bệnh tật, Trung tâm Giám định y khoa, Trung tâm Pháp y, Trung tâm Kiểm nghiệm thuốc – mỹ phẩm – thực phẩm…, Giám đốc Sở Y tế sẽ xây dựng đề án trình UBND tỉnh, thành phố xem xét việc sáp nhập các đơn vị có cùng chức năng, nhiệm vụ để thành lập đơn vị sự nghiệp công lập mới. Các đơn vị mới có thể có nhiều cơ sở hoạt động tùy theo quy mô dân số, địa lý và phạm vi chuyên môn, nhưng phải quy định rõ nhiệm vụ, cơ chế phối hợp, tránh trùng lắp và chồng chéo.
Riêng với hệ thống y tế tuyến huyện, Bộ Y tế định hướng việc sắp xếp các Trung tâm Y tế cấp huyện, quận, thị xã hiện có thành các Trung tâm Y tế khu vực, trực thuộc Sở Y tế tỉnh, thành phố sau sắp xếp nhằm bảo đảm tính liên thông, nâng cao năng lực quản lý và cung ứng dịch vụ y tế cơ bản cho người dân.
