Hội đồng Y khoa quốc gia là tổ chức có chức năng đánh giá độc lập năng lực hành nghề khám bệnh, chữa bệnh. Hội đồng Y khoa quốc gia gồm Chủ tịch, không quá 3 Phó Chủ tịch và các Ủy viên Hội đồng, trong đó Chủ tịch Hội đồng là lãnh đạo Bộ Y tế kiêm nhiệm.
Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm, miễn nhiệm Chủ tịch, Phó Chủ tịch Hội đồng Y khoa quốc gia theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Ủy viên Hội đồng bao gồm: đại diện các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh; đại diện các cơ sở đào tạo khối ngành sức khỏe; đại diện hội (hiệp hội) nghề nghiệp và chuyên gia ngành y tế; đại diện cơ quan quản lý nhà nước; trong đó có 1 Ủy viên kiêm Thư ký Hội đồng, số lượng ủy viên Hội đồng do Chủ tịch Hội đồng Y khoa quốc gia quyết định dựa trên nhu cầu thực tế của Hội đồng.