Ban Chỉ đạo gồm 22 đồng chí, do Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thành Phong làm trưởng ban ban chỉ đạo. Sở QH-KT là cơ quan thường trực của ban chỉ đạo.
Tăng cường đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng kỹ thuật và hạ tầng xã hội (y tế, giáo dục, văn hóa, thể dục thể thao) cho khu vực phía Đông TP theo định hướng chung về phát triển đô thị sáng tạo, tương tác cao.
Xây dựng chiến lược phát triển kinh tế tri thức, các chương trình kêu gọi đầu tư phát triển đô thị và thu hút nhân tài đến sống và làm việc tại khu đô thị này.
Chỉ đạo công tác tăng cường cải cách hành chánh, đổi mới quản lý nhà nước, xây dựng cơ chế phối hợp giữa 3 quận (quận 2, 9 và Thủ Đức), nghiên cứu kinh nghiệm ở các TP lớn của nước ngoài để đề xuất các cơ chế, chính sách, giải pháp phát triển hệ sinh thái sáng tạo, nâng cao năng lực cạnh tranh cho khu đô thị này, hướng đến chuẩn bị thành lập bộ máy hành chính TP hướng Đông.
Xây dựng và phát triển hệ thống cơ sở dữ liệu đô thị tập trung (bao gồm hệ thống dữ liệu về đất đai, giao thông, kênh rạch, công trình) trên địa bàn 3 quận 2, 9, Thủ Đức, đẩy mạnh ứng dụng công nghệ nhằm nâng cao năng lực quản lý các nguồn lực. Nghiên cứu ban hành các quy chế, quy định quản lý, chương trình hành động phù hợp để tổ chức thực hiện quy hoạch và quản lý đầu tư phát triển khu đô thị này.