Thanh Hóa có hệ thống sông, suối phủ khắp địa bàn, ngoài ra còn trên 18.000ha mặt nước có thể nuôi trồng thủy sản.
Tỉnh Thanh Hóa cũng có tiềm năng rất lớn để phát triển nghề nuôi cá lồng trên sông, hồ, với hơn 1.140ha hồ chứa thủy lợi, tập trung ở các huyện miền núi, trung du như: Mường Lát, Bá Thước, Quan Sơn, Quan Hóa, Thường Xuân, Như Thanh, Thạch Thành,…
Trong những năm gần đây, nghề nuôi cá lồng trên sông, hồ đang phát triển, tuy nhiên còn nhiều bất cập, như: Quy mô sản xuất nhỏ lẻ, chưa hình thành liên minh sản xuất theo chuỗi, đầu ra cho sản phẩm còn bếp bênh, sự liên kết giữa người nuôi với thị trường tiêu thụ hầu như chưa có; việc ứng dụng công nghệ nuôi theo hướng công nghệ cao và an toàn vệ sinh thực phẩm còn nhiều hạn chế; thường bị thiên tai, dịch bệnh, tư thương ép giá,…
Trước thực tế đó, ngành nông nghiệp tỉnh Thanh Hóa đã lập đề án để phát triển nghề nuôi cá lồng phát triển bền vững.