Việc thông qua TCA có nghĩa là thỏa thuận, đã được áp dụng tạm thời từ tháng 1 năm nay, có thể có hiệu lực vào ngày 1-5 và phát sinh hàng loạt thách thức mới.
TCA tạo ra một cấu trúc quản trị phức tạp, chỉ sau khi thỏa thuận được phê chuẩn mới có thể được thực hiện. Hội đồng Đối tác chung EU - Anh sẽ được thành lập và là cơ quan cao nhất chịu trách nhiệm giám sát việc thực hiện và tạo một diễn đàn để hai bên khắc phục những khác biệt. Hai bên sẽ thành lập một ủy ban đối tác thương mại để tiếp nhận những ý kiến đóng góp từ 10 ủy ban thương mại chuyên ngành và xem xét các vấn đề như thương mại hàng hóa, hàng rào kỹ thuật trong thương mại, quy tắc xuất xứ và sở hữu trí tuệ. Bên cạnh đó, 8 ủy ban khác sẽ đảm nhiệm các lĩnh vực chính sách, bao gồm năng lượng, an toàn hàng không, điều phối an sinh xã hội, nghề cá và thực thi pháp luật. TCA cũng dẫn đến việc Quốc hội Anh và Nghị viện châu Âu thành lập Hội đồng Đối tác nghị viện gồm các nhà lập pháp từ 2 cơ quan này. Hội đồng có thể tiếp nhận thông tin từ Hội đồng Đối tác nghị viện và đưa ra các khuyến nghị về việc thực hiện thỏa thuận.
Đối với các dịch vụ tài chính, EP và Bộ Tài chính Anh đã đạt được biên bản ghi nhớ về các dịch vụ tài chính, tạo ra một diễn đàn để trao đổi giữa các quan chức cấp cao nhất về những quy định trong tương lai. Biên bản ghi nhớ cũng đặt nền tảng cho sự hợp tác chặt chẽ và tạo cơ hội để thảo luận về các quyết định tương đương. Tuy nhiên, một thỏa thuận chính thức để cả hai bên công nhận các quy tắc của nhau vẫn rất khó xảy ra trong tương lai gần. Các quy tắc vẫn là đặc quyền đơn phương của cả hai bên và cho đến nay có rất ít tiến bộ về chủ đề này. Điều này đã thúc đẩy nhiều người ở Anh xem xét các lựa chọn thay thế, trong đó có việc tách riêng các quy định.
Trong số các vấn đề đang chờ giải quyết, nội dung gây khó chịu nhất đối với EP là quyết định của Anh không trao quy chế ngoại giao đầy đủ cho phái đoàn và nhân viên của EU tại London - nhằm đảm bảo họ không thể bị bắt, giam giữ và thẩm vấn bởi Chính phủ Anh. Việc không có tư cách như vậy cho đến nay đã tước quyền miễn trừ ngoại giao của ông Vale de Almeida và phái đoàn EU tại London. Bộ Ngoại giao Anh lập luận rằng Công ước Vienna chỉ áp dụng cho các quốc gia chứ không áp dụng cho các tổ chức quốc tế như EU.
