Những sai phạm được xác nhận tại biên bản khám nghiệm hiện trường và các kết quả kiểm tra khác như kết quả đọc băng tốc độ đầu máy, kết quả kiểm tra tải trọng hàng hóa trên toa xe, khám nghiệm toa xe, băng ghi hình đường ngang khu vực tai nạn.
Tuy nhiên, Tổng công ty ĐSVN chưa xác định được con số thiệt hại cụ thể. Những thiệt hại do vụ tai nạn gây ra như: chậm tàu, chi phí cứu hộ, cứu chữa toa xe, hạ tầng đường sắt vẫn đang được các đơn vị đường sắt tính toán xác định.
Tổng công ty ĐSVN cũng yêu cầu Công ty CP Đường sắt Hà Ninh tổ chức phân tích, xử lý trách nhiệm cá nhân, tập thể liên quan. Kết quả xử lý phải báo cáo trước 30-5.
Trước đó, ngày 13-5, tàu hàng HH4 gồm đầu máy D19E-903 kéo 19 toa xe, tổng trọng 804 tấn khi chạy đến km 81+860 khu gian Nam Định - Đặng Xá hướng từ Nam ra Bắc thì bị trật bánh toa xe. Toa xe số hiệu 231548 là toa xe thứ 12 trong thành phần đoàn tàu, bị lật hoàn hoàn, nằm cạnh đường ray và bị bung toàn bộ bộ phận chạy như giá chuyển… Hai toa khác mang số hiệu 232138 và 232176 bị trật bánh.