Theo đại diện UBND huyện Thanh Trì, vào khoảng 13 giờ 45 phút cùng ngày, tàu hỏa SE35 lưu thông theo hướng trung tâm Hà Nội đi phía Nam. Khi đến km7+700 khu Giáp Bát - Văn Điển (thuộc địa phận huyện Thanh Trì, Hà Nội), tàu hỏa đã va chạm với xe đạp điện do em Phạm Anh Q. (14 tuổi) chở theo em Trần Đ. (14 tuổi) đi từ ngõ 198 ra đường Ngọc Hồi. Vụ va chạm khiến chiếc xe đạp điện cùng 2 em văng xa, em Đ. tử vong tại chỗ, còn em Q. bị thương nặng được đưa đi cấp cứu.
Khu vực đường sắt nơi xảy ra vụ tai nạn Ngay sau khi xảy ra vụ tai nạn trên, lực lượng chức năng đã nhanh trong có mặt tại hiện trường để làm rõ nguyên nhân. Bước đầu, lực lượng chức năng xác định 2 nạn nhân trên là học sinh cùng trong một lớp tại Trường THCS thị trấn Văn Điển. Khu vực xảy ra vụ việc là đường ngang dân sinh, cả 2 phía đều có biển báo chú ý quan sát tàu hỏa.
