Tuy nhiên, sự phát triển của ngành logistics trong nước vẫn gặp phải rất nhiều thách thức, trong đó quan ngại nhất là vấn đề chi phí dịch vụ còn cao, tương đương 20,9% GDP, cao hơn nhiều so với các nước trong khu vực và cao hơn mức bình quân toàn cầu là 14%. Trong tổng chi phí logistics tại Việt Nam thì chi phí vận tải quá cao, tương đương 30-40% giá thành sản phẩm, trong khi tỷ lệ này chỉ khoảng 15% ở các quốc gia khác.
Để thực sự cắt giảm được chi phí logistics thời gian tới, việc trước hết là cấp bách nâng cấp và hoàn thiện hệ thống hạ tầng, cơ sở vật chất. Đặc biệt là cải thiện sự kết nối giữa những phương thức vận tải, tránh việc dồn quá nhiều vào phương thức vận tải đường bộ, trong khi còn xem nhẹ các phương thức khác như đường sắt, đường thủy.
Bên cạnh đó, các bộ ngành liên quan cần tiếp tục hoàn thiện về hệ thống pháp luật, cơ chế chính sách thúc đẩy dịch vụ logistics phát triển. Mặt khác, bản thân doanh nghiệp logistics cần có kế hoạch riêng để chủ động nâng cấp dịch vụ, đáp ứng chất lượng theo yêu cầu của khách hàng, qua đó phát triển thị trường trong nước và nước ngoài.
Đáng chú ý, yếu tố về sự liên kết giữa các doanh nghiệp logistics khá cần thiết, nhưng đa số doanh nghiệp trong ngành này đều ở tầm “thường thường bậc trung” nên sự liên kết hiện nay còn rời rạc. Về yếu tố này, đòi hỏi vai trò của các hiệp hội, lãnh đạo chính quyền địa phương là rất cần thiết. Đặc biệt là ứng dụng khoa học công nghệ và đào tạo, bồi dưỡng phát triển nguồn nhân lực chất lượng cao trong lĩnh vực logistics để sẵn sàng thích ứng với yêu cầu thực tiễn đặt ra.
