Ngoài ra, để đảm bảo môi trường sống của đàn cá, TP cũng yêu cầu Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đẩy nhanh công tác nghiên cứu, theo dõi tình trạng thủy sản trong kênh và kịp thời ứng phó, xử lý, không để xảy ra hiện tượng cá chết trong kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè. Sở Giao thông Vận tải được giao nạo vét lòng kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè tại những đoạn bị bồi lắng, tích tụ ở phía thượng lưu (từ cầu số 1 đến cầu số 5).
Nhằm đảm bảo vệ sinh môi trường cũng như đảm bảo mỹ quan, TPHCM chỉ đạo Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước TP nạo vét, khơi thông hệ thống thoát nước thuộc lưu vực kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè; tăng cường vớt rác tại cửa thu hệ thống gom nước và các giếng xả tràn; đảm bảo hoạt động ổn định của các van một chiều; tăng cường hoạt động hệ thống bơm nước thải (công suất 64.000m³/giờ) trong và sau những cơn mưa lớn để giảm hàm lượng chất độc hại có trong môi trường nước ở kênh; vận hành cống kiểm soát triều kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè nhằm đảm bảo điều tiết mực nước mùa mưa trong kênh phù hợp để cải thiện môi trường nước cho tuyến kênh.
Cùng với đó, TP cũng chỉ đạo UBND các quận 1, 3, Bình Thạnh, Phú Nhuận, Tân Bình tăng cường vận động nhân dân không xả rác, đổ rác thải, nước thải trực tiếp xuống lòng kênh, không vớt cá chết sử dụng vào mục đích khác; tăng cường kiểm tra các cơ sở sản xuất, kinh doanh trên địa bàn, đảm bảo việc xử lý nước thải đạt tiêu chuẩn trước khi xả ra môi trường; xử lý nghiêm các trường họp vi phạm; kiểm tra, nạo vét, khơi thông các tuyến cống thoát nước do các quận quản lý đổ vào kênh.
Nhằm kịp thời theo dõi, đánh giá và có giải pháp ngăn ngừa, kiểm soát chất lượng môi trường, TPHCM cũng đang từng bước mở rộng mạng lưới quan trắc các thành phần trên địa bàn TP thông qua việc thực hiện đề án mạng lưới quan trắc chất lượng môi trường TPHCM đến năm 2020, tầm nhìn đến năm 2030.
Hiện Sở Tài nguyên và Môi trường đã lắp đặt 2 trạm quan trắc tự động chất lượng không khí tại Phòng Giáo dục quận Bình Tân và Khu công nghệ cao, 2 trạm quan trắc tự động chất lượng nước mặt tại Trạm Phú An và Trạm Trung An; tiếp nhận tài trợ và bàn giao mặt nước cho Công ty Phú Điền lắp đặt 2 hệ thống quan trắc tự động chất lượng nước kênh Nhiêu Lộc - Thị Nghè tại vị trí cầu Điện Biên Phủ và cầu số 1, nhằm từng bước tự động hóa mạng lưới quan trắc các thành phần môi trường.
Bên cạnh việc duy trì và phát triển các mạng lưới hiện có, Sở Tài nguyên và Môi trường cũng phối hợp với Sở Giao thông Vận tải TPHCM thực hiện phổ biến thông tin về chất lượng môi trường không khí, nước mặt của thành phố tại 48 bảng điện tử để nâng cao việc tiếp cận, quan tâm của cộng đồng đến công tác bảo vệ môi trường.
Ngoài ra, nhằm kiểm soát nguy cơ ô nhiễm môi trường từ các nguồn thải có lưu lượng lớn, Sở Tài nguyên và Môi trường đã yêu cầu các công ty quản lý hạ tầng khu chế xuất, khu công nghiệp, khu công nghệ cao, cụm công nghiệp và doanh nghiệp có phát sinh lượng nước thải từ 1.000m³/ngày hoặc khí thải trên 20 tấn/giờ phải thực hiện việc lắp đặt thiết bị quan trắc tự động và truyền dữ liệu về Sở Tài nguyên và Môi trường theo quy định.