Bộ NN-PTNT cũng xác nhận quá trình phát triển này còn nhiều yếu tố thiếu ổn định, tăng trưởng không bền vững, chưa đáp ứng được đòi hỏi của nền sản xuất hàng hóa tập trung, quy mô lớn và tiêu chuẩn cao từ thị trường quốc tế. Công nghiệp chế biến nông - lâm - thủy sản, nhất là ở khâu bảo quản và chế biến sâu, công nghiệp phụ trợ chưa phát triển mạnh; tổn thất sau thu hoạch còn cao; chưa tạo được mối liên kết sản xuất vững chắc theo chuỗi giá trị để thúc đẩy cơ giới hóa, ứng dụng công nghệ cao để giảm chi phí trung gian nhằm nâng cao giá trị gia tăng.
Hiện cả nước có khoảng 7.500 doanh nghiệp (DN) chế biến nông sản quy mô công nghiệp có gắn với XK và hàng vạn cơ sở chế biến nhỏ lẻ, hộ gia đình. Ước tính mỗi năm, các thành phần kinh tế này có khả năng chế biến, sơ chế bảo quản khoảng 120 triệu tấn nguyên liệu nông - lâm - thủy sản, nhưng Cục Chế biến và phát triển thị trường nông sản (Bộ NN-PTNT) nhận định, chỉ có 20%-30% DN và cơ sở thông qua chế biến sâu để XK. Điển hình nhất là mặt hàng cà phê của Việt Nam XK đến hơn 80 thị trường trên thế giới với tổng sản lượng hàng năm đạt 11,6-11,8 triệu tấn, kim ngạch khoảng 2,6-2,8 tỷ USD, nhưng trị giá vẫn ở mức thấp do lượng cà phê nhân chiếm tỷ trọng lớn.
Bộ trưởng Bộ NN-PTNT Lê Minh Hoan cho biết, hoạt động chế biến nông sản đang nhận được sự quan tâm rất lớn từ Chính phủ, DN cũng như toàn xã hội. Do đó, ngành nông nghiệp Việt Nam phải mở thêm lối XK nông sản, có phương hướng phát triển, tạo ra giá trị gia tăng, giải bài toán cung vượt cầu để giảm áp lực cho nông dân thường gặp cảnh “được mùa rớt giá”.
Mới đây nhất, Thủ tướng đã ban hành Chỉ thị 25/CT-TTg về nhiệm vụ, giải pháp phát triển công nghiệp chế biến nông - lâm - thủy sản và cơ giới hóa sản xuất nông nghiệp. Khả năng chế biến sâu nông sản trong nước còn tiềm năng rất lớn, nên vấn đề ở đây là tạo môi trường, chính sách ổn định để kích thích dòng vốn đầu tư; Nhà nước và DN bắt tay kết nối mở rộng thị trường, cùng nghiên cứu khoa học công nghệ chế biến và bảo quản sau thu hoạch để nâng cao giá trị nông sản; xác lập tư duy thị trường để thích ứng bối cảnh thị trường bình thường mới; xây dựng cơ sở hạ tầng logistics, kho lạnh, kho bảo quản và quy hoạch vùng nguyên liệu gắn với chế biến ở các địa phương…
