Theo Hợp đồng và các phụ lục Hợp đồng dự án giữa Tổng cục và nhà đầu tư, tổng mức đầu tư của dự án này là 822 tỷ đồng, thời gian thu phí hoàn vốn 27 năm 8 tháng, thời gian thu phí tạo lợi nhuận là 3 năm. Tuy nhiên, trong thời gian thu phí và rà soát lại Hợp đồng dự án, một số chỉ tiêu tính phương án tài chính đã thay đổi.
Cụ thể, tổng vốn đầu tư của dự án giảm 36 tỷ đồng, từ 822 tỷ đồng xuống 786 tỷ đồng. Bên cạnh đó, lưu lượng phương tiện thực tế qua trạm tăng cao hơn so với dự kiến do di dời vị trí trạm thu phí từ Tào Xuyên đến Dốc Xây là khu vực có lưu lượng xe cao hơn so với vị trí cũ, phương án tài chính của phụ lục hợp đồng số 3/38-CĐBVN/HĐ/2008 tính trùng lãi phần vốn BOT… Do vậy, thời gian thu hoàn vốn của dự án giảm xuống còn 7 năm 2 tháng.
Theo Tổng cục ĐBVN, thời gian thu hoàn vốn của dự án từ 27 năm 8 tháng giảm đã xuống còn 7 năm 2 tháng thì việc giữ nguyên thời gian thu phí tạo lợi nhuận là 3 năm như hợp đồng ban đầu là chưa hợp lý. Tổng cục ĐBVN đã quyết định tạm dừng thu cho đến khi hoàn thành công tác đàm phán, điều chỉnh mức lợi nhuận của Dự án BOT xây dựng Quốc lộ 1A đoạn tránh thành phố Thanh Hóa hoặc theo quyết định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Ngày 7-8, Bộ GTVT cũng có thông cáo chính thức về xử lý các bất cập tại các trạm thu giá dịch vụ sử dụng đường bộ của các dự án BOT. Bộ GTVT giao Tổng cục Đường bộ VN đàm phán với nhà đầu tư điều chỉnh mức lợi nhuận.
Sau nhiều vòng đàm phán, các bên chưa thống nhất mức lợi nhuận của dự án. Với Dự án BOT xây dựng Quốc lộ 1A đoạn tránh thành phố Thanh Hóa, theo Phụ lục hợp đồng dự án, thời gian thu phí hoàn vốn cho dự án kết thúc. Tính đến ngày 31-7-2017, nhà đầu tư đã thu tạo lợi nhuận được hơn 1 năm. Số thu tạo lợi nhuận cho nhà đầu tư đến hết 31-7 đã lớn hơn số cao nhất so với các phương án đàm phán mức lợi nhuận của nhà đầu tư Tổng cục Đường bộ VN đã đưa ra.
Vì những lý do trên, theo chỉ đạo của Bộ GTVT, Tổng cục Đường bộ tạm dừng thu giá sử dụng dịch vụ đường bộ tại trạm Tào Xuyên từ 0 giờ 00 phút ngày 10-8 để tiếp tục đàm phán và xử lý theo quy định
