Trước đó, vào ngày 29-6, kết thúc phiên xử sơ thẩm lại vụ án, TAND TPHCM đã công bố Quyết định trả hồ sơ vụ án cho Viện KSND TPHCM để điều tra bổ sung làm rõ một số vấn đề.
Cụ thể: tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Đức Thùy Dung và Trương Hồ Phương Nga đều khai nhận 16,5 tỷ đồng là số tiền ông Cao Toàn Mỹ cho Phương Nga do ông Mỹ và Nga có quan hệ tình cảm; nhưng ông Mỹ lại cho rằng số tiền này ông chuyển theo yêu cầu của Phương Nga vì Nga hứa mua giúp nhà cho ông với giá rẻ hơn giá thị trường. Ông có đến xem căn nhà số 7 đường Nguyễn Trãi quận 1 trước ngày ký hợp đồng mua bán và mô tả bên trong căn nhà.
Bên cạnh đó, từ các tài liệu có trong hồ sơ, chứng cứ, lời khai của các bên liên quan cho thấy có nhiều điểm mâu thuẫn chưa được điều tra làm rõ.
Hội đồng xét xử yêu cầu cần làm rõ thời điểm tạo lập các văn bản thỏa thuận mua bán nhà, giấy thỏa thuận viết ngày 5-10-2013 giữa Trương Hồ Phương Nga và bà Lương Thị Kim Phi, giấy hẹn thanh toán...; kiểm tra trích xuất trên máy tính của Trương Hồ Phương Nga, trưng cầu giám định để xác định thời điểm tạo lập, làm rõ việc ông Cao Toàn Mỹ nhận các văn bản thỏa thuận trên từ ai và chứng minh nguồn gốc các giấy tờ trên; làm rõ Nguyễn Đức Thùy Dung tham gia như thế nào trong quá trình tạo lập các văn bản thỏa thuận này, giấy nhận tiền, ý thức chủ quan của bị cáo như thế nào liên quan đến khoản tiền 16,5 tỷ đồng để chứng minh Nguyễn Đức Thùy Dung phạm tội với vai trò đồng phạm.
Trường hợp kết quả điều tra bổ sung chứng minh được số tiền 16,5 tỷ đồng Phương Nga nhận từ ông Mỹ thông qua tài khoản của Thùy Dung không phải là khoản tiền thỏa thuận mua bán nhà thì cần điều tra làm rõ ai là người đã tạo lập những chứng cứ đó, nhằm mục đích gì để xử lý theo quy định của pháp luật; điều tra làm rõ có hay không hành vi vi phạm chế độ hôn nhân một vợ một chồng; trích xuất dữ liệu trong các email mà Phương Nga cho rằng là nội dung đàm phán "Thỏa thuận tình cảm" giữa Nga và ông Mỹ để làm rõ nội dung này là của ai, do ai tạo lập; thực hiện ủy thác tư pháp để xác định lời khai của Phương Nga liên quan đến 17 lần xuất cảnh cùng ông Cao Toàn Mỹ...
Tại phiên tòa, một trong những vấn đề được dư luận quan tâm là các lời khai của các ông bà Lữ Minh Nghĩa, Hồ Mai Phương (mẹ bị cáo Phương Nga), Nguyễn Mai Phương (bạn bị cáo Phương Nga) và bị cáo Nguyễn Đức Thùy Dung về quá trình đưa chuyển thư ra - vào Trại tạm giam Chí Hòa thông qua một cán bộ quản giáo của trại tạm giam tên Nghĩa.
goài ra, hai bản khai ngày 29-9-2014 của Trương Hồ Phương Nga và ngày 9-9-2014 của ông Cao Toàn Mỹ tuy khác nhau về thời gian nhưng giống nhau về dấu chấm, dấu phẩy và có sự nhầm lẫn về nhân thân. Hội đồng xét xử cho rằng cần làm rõ Nguyễn Đức Thùy Dung có phải là người đã viết các lá thư trên hay không, và làm rõ có hay không hành vi vi phạm hoạt động tư pháp.
Sau khi kết thúc phiên tòa, Viện KSND TPHCM đã ra quyết định trả hồ sơ cho Cơ quan Cảnh sát Điều tra - Công an TPHCM điều tra bổ sung theo yêu cầu của tòa án trong vòng một tháng.