Theo Công ty cổ phần Quản lý và xây dựng đường bộ Hà Tây, nhân viên gác chắn phải hạ barie trước 90 giây khi tàu đến. Tuy nhiên, 2 nhân viên trực gác chắn đã hạ barie chậm, để xe đầu kéo chở sắt đi vào lối mở. Do xe dài và nặng, tài xế mất gần 2 phút không thoát khỏi đường giao cắt, gây va chạm với tàu khách SE5.
Bên cạnh đó, 2 nhân viên gác chắn cũng không phát tín hiệu cảnh báo để dừng tàu theo quy định. Mặc dù trước đó, tàu SE5 đã tránh tàu tại ga Phú Xuyên cách vị trí va chạm khoảng 500m, phía ga đã phát tín hiệu báo tàu sắp đến với nhân viên gác chắn trên đường.
Lãnh đạo Công ty cổ phần Quản lý và xây dựng đường bộ Hà Tây đánh giá, 2 nhân viên gác chắn đã xử lý chậm, thiếu kinh nghiệm, có thể do hốt hoảng, mất bình tĩnh. Công ty đã tạm đình chỉ công tác nhân viên gác chắn để chờ kết luận của cơ quan điều tra, sau đó sẽ đưa ra hình thức xử lý.
Đại diện Sở GTVT Hà Nội cho biết, tuyến đường trên thuộc quản lý của huyện Thường Tín. Lối mở xảy ra tai nạn dẫn từ Quốc lộ 1 vào khu đông dân cư, có nhiều khu công nghiệp, nhà xưởng, mật độ phương tiện cao nhưng chưa có biển hạn chế xe tải trọng lớn. Sau vụ va chạm tàu SE5, sở sẽ yêu cầu huyện rà soát, hạn chế xe tải trọng lớn, xe container.