Hiện có 100 loài sinh vật biển ở nước ta bị đe dọa, nhiều loài quý hiếm được đưa vào Sách đỏ Việt Nam và Danh mục đỏ IUCN yêu cầu phải có biện pháp bảo vệ (37 loài cá biển, 6 loài san hô, 5 loài da gai, 4 loài tôm rồng, 21 loài ốc, 6 loài hai mảnh vỏ, 3 loài mực, 1 loài sam).
Kết quả nghiên cứu của Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên hiệp quốc (FAO) và một số tổ chức quốc tế chỉ ra rằng, hơn 80% lượng cá trên các vùng biển ven bờ và ngoài khơi của Việt Nam đã bị khai thác, trong đó 25% lượng cá bị khai thác quá mức hoặc khai thác cạn kiệt; sản lượng đánh bắt giảm đáng kể; nhiều loài sinh vật biển khác đứng trước nguy cơ tuyệt chủng.
Để bảo vệ bền vững môi trường biển, Bộ TN-MT kiến nghị các đơn vị có liên quan đẩy mạnh công tác bảo tồn biển, gìn giữ đa dạng sinh học, ngăn ngừa tình trạng ô nhiễm môi trường biển cũng như bảo vệ và khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên biển. Những tỉnh thành trực thuộc Trung ương có biển phối hợp với Bộ TN-MT, Bộ KH-ĐT xây dựng Quy hoạch không gian biển quốc gia, Quy hoạch tổng thể khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên biển.
