Thời điểm trên, tàu chở khách số hiệu SE5 chạy hướng Bắc - Nam. Khi đến đoạn Km 1184+200 thuộc đường ray có gác chắn tự động gần khu vực ga Hòa Đa (xã An Mỹ) thì tàu va chạm với hai người đi trên xe máy đang lưu thông hướng Tây - Đông.
Theo người dân địa phương, người điều khiển xe máy lách qua gác chắn tự động để đi. Vụ tai nạn khiến T.A.T. (sinh năm 2006, thị trấn Chí Thạnh, huyện Tuy An) tử vong tại chỗ; T.T.N.Q. (sinh năm 2006, xã An Dân, huyện Tuy An) bị thương nặng, được đưa vào Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên cấp cứu.
Đại diện Bệnh viện Đa khoa tỉnh Phú Yên cho biết, nạn nhân Q. được đưa vào cấp cứu trong tình trạng chấn thương sọ não nặng, đồng tử giãn, nát bàn chân. Sau khi được cấp cứu, bệnh nhân đã có mạch trở lại.
Hiện tại, người nhà đã xin cho bệnh nhân Q. chuyển viện đến Bệnh viện Đa khoa tỉnh Bình Định.
Sau khi tai nạn xảy ra, các lực lượng chức năng đã kịp thời phối hợp xử lý vụ việc. Tàu chở khách SE5 dừng lại 25 phút và được khởi hành trở lại về Ga Tuy Hòa để đón, trả khách như bình thường.
