Thông tư nêu rõ, phương án tái cơ cấu được thực hiện trên nguyên tắc đồng thuận giữa cơ quan đại diện chủ sở hữu doanh nghiệp với công ty mua bán nợ hoặc các chủ nợ tham gia tái cơ cấu. Công ty mua bán nợ được quyền chủ động đàm phán mua nợ với các chủ nợ và đề xuất phương án tái cơ cấu doanh nghiệp phù hợp với quy định của pháp luật và thỏa thuận với cơ quan đại diện chủ sở hữu.
Đối với công ty cổ phần lần đầu, công ty mua bán nợ và các chủ nợ tham gia tái cơ cấu doanh nghiệp được chuyển nợ thành vốn góp cổ phần theo nguyên tắc thỏa thuận và được cơ quan đại diện chủ sở hữu phê duyệt trong phương án tái cơ cấu.
Đối với số cổ phần không bán hết, doanh nghiệp có trách nhiệm thực hiện xử lý theo quy định tại Nghị định số 126/2017/NĐ-CP và Thông tư số 40/2018/TT-BTC. Trường hợp công ty mua bán nợ và các chủ nợ vẫn không mua hết số cổ phần chào bán theo quy định tại khoản 1 Điều 8 thông tư này thì ban chỉ đạo cổ phần hóa, ban chỉ đạo tái cơ cấu doanh nghiệp báo cáo cơ quan đại diện chủ sở hữu thực hiện điều chỉnh quy mô, cơ cấu vốn điều lệ để chuyển doanh nghiệp tái cơ cấu thành công ty cổ phần trước khi tổ chức đại hội đồng cổ đông lần thứ nhất.
Chính sách đối với người lao động dôi dư trong doanh nghiệp tái cơ cấu sẽ được thực hiện theo quy định hiện hành đối với DNNN khi cổ phần hóa. Kinh phí sẽ được thực hiện theo nguyên tắc toàn bộ tiền thu từ bán cổ phần sau khi trừ tổng mệnh giá cổ phần đã bán được sử dụng để chi trả cho người lao động dôi dư.
Trường hợp không đủ để chi trả cho người lao động dôi dư thì doanh nghiệp tái cơ cấu báo cáo cơ quan đại diện chủ sở hữu có văn bản đề nghị Bộ Tài chính xuất từ Quỹ hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp bổ sung phần còn thiếu.