Nghịch lý nguồn nước ở Việt Nam là quá nhiều, quá ít và quá bẩn. Nắng nóng, mưa nhiều và tập trung vào những tháng mùa mưa dẫn đến lũ lụt, gây nhiều tổn hại - trước hết và nhiều nhất đối với người nghèo. Hạn hán, thiếu nước trở nên thường xuyên, đặc biệt ngày càng trầm trọng vào những tháng mùa khô. Mặt khác, tình trạng quá nhiều nước thải chưa được thu gom, xử lý đã làm nguồn nước bị ô nhiễm nặng. Ô nhiễm nước đang nổi lên và trở thành những mối đe dọa. Trong đó, nước thải công nghiệp và đô thị là nguồn gây ô nhiễm lớn nhất.
Có thể thấy, chất lượng nước mặt và nước ngầm ở Việt Nam suy thoái một cách đáng lo ngại, với dấu hiệu của độc tính phát sinh từ các thành phố, khu công nghiệp và nông nghiệp. Các chất gây ô nhiễm phát sinh bởi công nghiệp hóa nhanh đã làm nảy sinh dịch bệnh và rủi ro mới cho năng suất và tăng trưởng, ngay cả trước khi quốc gia giải quyết được những vấn đề vì kém phát triển như tiêu chảy và suy dinh dưỡng do vệ sinh kém.
Dòng chảy qua các thành phố lớn bị ô nhiễm nặng. Nước dưới đất ở nhiều vùng đã bị ô nhiễm, khai thác quá mức đã dẫn đến gia tăng độ mặn và nồng độ các chất ô nhiễm. Đây là hậu quả của lịch sử lâu dài để lại do không quan tâm xử lý nước tiêu thoát và nước thải của các đô thị; do sự phổ biến của các hệ thống cống kết hợp (thu gom chung cho cả nước thải và nước mưa).
Không dùng lại ở đó, chất thải rắn phát sinh từ các đô thị cũng là mối đe dọa đến nguồn nước mặt. Chôn lấp chất thải rắn bất hợp pháp, khu vực chôn lấp thiếu vệ sinh nằm gần nguồn nước và thiếu thu gom chất thải rắn đã dẫn đến tình trạng rác thải gây ô nhiễm nguồn nước. Trong khi Việt Nam có 660 bãi rác đang hoạt động thì chỉ có 1/3 bãi chôn lấp là hợp vệ sinh. Ngoài ra, ô nhiễm nước từ nông nghiệp cũng đang ngày càng gia tăng, do Việt Nam tiêu thụ quá nhiều thuốc bảo vệ thực vật phục vụ cho sản xuất nông nghiệp.
Để giảm ô nhiễm nguồn nước, đặc biệt là ở các đô thị lớn, các chuyên gia của Nhóm Tài nguyên nước 2030 (thuộc Ngân hàng Thế giới) cho rằng vấn đề xử lý và tái sử dụng nước thải cần được ưu tiên đầu tư. Việc tái sử dụng nước thải đô thị có khả năng làm giảm áp lực về tài nguyên nước của các đô thị lớn. Đầu tư xử lý tái sử dụng nước thải có thể thực hiện qua hình thức đối tác công - tư (PPP); làm việc với các công ty phát triển hạ tầng về thương mại hóa các nhà máy xử lý và hệ thống tái sử dụng nước thải công nghiệp; yêu cầu ngành công nghiệp phải sử dụng nước thải đã qua xử lý cho các quy trình sản xuất.
Không chỉ thế, để nâng cao thể chế quản lý tài nguyên nước, trước hết cần hoàn thiện hơn nữa khung pháp lý nhằm quản lý có hiệu lực và hiệu quả; tăng cường thực thi pháp luật, đặc biệt là các quy định liên quan đến xả thải, đảm bảo tuân thủ nghiêm quy định quản lý về môi trường. Cùng với thể chế, năng lực con người và khả năng tài chính là yêu cầu cần phải tăng cường, để thực hiện các biện pháp chính sách quan trọng.