Theo Bộ GTVT, trong tổng mức đầu tư sơ bộ ban đầu khoảng 118.716 tỷ đồng, cơ cấu chi phí cho dự án gồm có giải phóng mặt bằng là 11.431 tỷ đồng; chi phí xây dựng và thiết bị là 67.922 tỷ đồng; chi phí quản lý dự án, tư vấn và khác là 7.782 tỷ đồng; chi phí dự phòng là 12.358 tỷ đồng…
Trên cơ sở tính toán các chi phí, Bộ GTVT đã quyết định phê duyệt suất vốn đầu tư xây dựng bình quân của cao tốc Bắc - Nam khoảng 115,8 tỷ đồng/km (4 làn xe).
Suất vốn này đã bao gồm chi phí đầu tư xây dựng công trình cầu, hầm, xử lý nền đất yếu, hệ thống giao thông thông minh, hệ thống thu phí điện tử không dừng, đường gom phục vụ dân sinh. Nếu không tính dự án Cam Lộ - La Sơn (quy mô 2 làn xe, chiều dài 98,4km) và dự án cầu Mỹ Thuận 2 (dài 6,6km) thì suất vốn đầu tư xây dựng bình quân của cao tốc Bắc - Nam khoảng 95,6 tỷ đồng/km.
Trước đó, tại Quyết định 44/2020, Bộ Xây dựng công bố suất vốn đầu tư xây dựng đường ô tô 4 làn ở khu vực 1 (miền Bắc), khu vực 2 (miền Trung) và khu vực 3 (miền Nam). Trong đó, suất vốn đầu tư ở khu vực 2 là 157,48 tỷ đồng/km, nếu chưa bao gồm chi phí xây dựng cầu và xử lý nền đất yếu là 124,98 tỷ đồng/km.