Trước đó, Thanh tra tỉnh Lâm Đồng có kết luận thanh tra số 78/KL-TTr về trách nhiệm của Giám đốc Sở Y tế Lâm Đồng trong việc thực hiện các quy định của pháp luật về phòng, chống tham nhũng. Trong đó cho rằng, Sở Y tế Lâm Đồng phê duyệt quyết toán và hướng dẫn cho các đơn vị thực hiện chưa đúng quy định đối với việc chi phụ cấp ưu đãi cho các đối tượng hợp đồng chưa phải công chức, viên chức là hơn 55,9 tỷ đồng.
Tuy nhiên, theo Sở Y tế Lâm Đồng, từ tháng 4-2012 đến tháng 9-2017, có 25 đơn vị sự nghiệp trực thuộc đã thực hiện việc chi trả chế độ phụ cấp ưu đãi nghề cho 1.369 người với tổng số tiền là 55,9 tỷ đồng.
Các đơn vị sự nghiệp đã chi tiền trợ cấp theo hướng dẫn tại Điều 2, Thông tư liên tịch số 02/2012/TTLT-BYT-BNV-BTC ngày 19-1-2012 của Bộ Y tế - Bộ Nội vụ - Bộ Tài chính về việc hướng dẫn thực hiện quy định đối tượng áp dụng phụ cấp ưu đãi nghề y tế, trong đó nêu rõ kể cả lao động hợp đồng (trong các cơ sở y tế công lập) cũng được hưởng.
Đến tháng 10-2017 khi có hướng dẫn liên ngành của Sở Tài chính - Sở Nội vụ Lâm Đồng, Sở Y tế tỉnh này đã chỉ đạo các đơn vị dừng chi phụ cấp ưu đãi nghề. Việc này đã gây tâm lý không an tâm công tác đối với thầy thuốc, dược sĩ, y sĩ, điều dưỡng, dẫn đến nhiều người đã xin nghỉ việc.
Sau khi có kết luận số 78/KL-TTr của Chánh Thanh tra tỉnh Lâm Đồng, Sở Y tế tỉnh đã làm việc với các Sở Tài chính, Tư pháp, Nội vụ, Lao động Thương binh và Xã hội và Thanh tra tỉnh thống nhất đề xuất UBND tỉnh Lâm Đồng xem xét giải quyết phụ cấp ưu đãi nghề cho các thầy thuốc và nhân viên y tế.
Sở Tài chính tỉnh Lâm Đồng sau đó đã có văn bản số 2111/STC-HCSN kiến nghị UBND tỉnh Lâm Đồng: "Chi phụ cấp ưu đãi nghề cho lao động hợp đồng từ năm 2012 đến tháng 10-2017 số tiền 55,9 tỷ đồng: Do không làm tăng chi ngân sách địa phương nên kính đề nghị Ủy ban nhân dân tỉnh xem xét và báo cáo Hội đồng nhân dân tỉnh chấp thuận không thu hồi số tiền đã chi phụ cấp ưu đãi nghề y tế cho đối tượng lao động hợp đồng".
Sở Y tế Lâm Đồng khẳng định, việc chi trả phụ cấp ưu đãi nghề của 25 đơn vị sự nghiệp trực thuộc đã chi cho người lao động yên tâm công tác; không có ai tư túi cá nhân.