Theo Sở TN-MT, TCV được giao tài sản cố định khu đất số 2 Nguyễn Bỉnh Khiêm, phường Bến Nghé, Quận 1 để chuyển đổi thành Công ty TNHH một thành viên. Theo nội dung kê khai của TCV, nguồn gốc sử dụng khu đất của đơn vị có thời điểm bắt đầu sử dụng từ năm 1976 và theo Quyết định số 4213 của UBND TPHCM về giao tài sản cố định cho TCV để chuyển đổi thành Công ty TNHH MTV Thảo Cầm viên Sài Gòn. Đơn vị hoạt động theo mô hình tổ chức kinh tế; sử dụng khu đất công trình công cộng có hoạt động kinh doanh (bán vé vào cổng tham quan, khu vui chơi, giải trí công cộng). Thời điểm kê khai đơn vị chưa kê khai, xác định diện tích sử dụng đối với phần diện tích có mục đích kinh doanh và phần diện tích không có mục đích kinh doanh.
Ngày 4-12-2014, UBND TPHCM đã Quyết định số 5918 cho TCV thuê đất tại khu đất trên để sử dụng vào mục đích công cộng với chế độ thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm. Trong đó, đối với diện tích 158.117m² không thuộc quy hoạch lộ giới có thời hạn 50 năm; diện tích 2.148,9m² thuộc quy hoạch lộ giới và 9.210,2m² thuộc hành lang bảo vệ rạch, thời gian thuê ngắn hạn hàng năm cho đến khi nhà nước thực hiện quy hoạch. Ngày 11-11-2024, Sở TN-MT có Phiếu chuyển thông tin địa chính gửi Cục Thuế TPHCM để xác định đơn giá thuê đất theo Quyết định số 5918.
Ngày 14-1, TCV có văn bản kiến nghị UBND TPHCM xem xét điều chỉnh Quyết định số 5918 trên cơ sở kê khai, thống kê lại diện tích sử dụng có mục đích kinh doanh và diện tích sử dụng cho hoạt động sự nghiệp công ích, không kinh doanh. Cụ thể, tổng diện tích khu đất là 170.559m², diện tích sử dụng vào mục đích đất công trình công cộng không có kinh doanh là 164.702,3m² (tương đương 96%) xin được giao quản lý với hình thức giao đất không thu tiền sử dụng đất; Diện tích sử dụng vào mục đích đất công trình công cộng có phục vụ kinh doanh là 5.857,6m² xin được công nhận với hình thức thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm.
Theo dự thảo quyết định, điều chỉnh quyết định cho thuê đất công nhận TCV quản lý, sử dụng 170.559 m2 (gồm 158.752m2 đất không thuộc lộ giới và 11.807m2 đất thuộc lộ giới) đất tại số 2 Nguyễn Bỉnh Khiêm. Trong đó, TCV được giao quản lý, sử dụng và thực hiện đăng ký thủ tục đất đai theo quy định đối với 164.702m2 sử dụng mục đích công cộng (duy tu bảo dưỡng cây xanh, bảo tồn động thực vật quý hiếm, đảm nhiệm chức năng giáo dục, nghiên cứu khoa học...). Đối với diện tích đất công cộng (có mục đích kinh doanh như: bãi giữ xe khách tham quan, quầy giải khát, khu ẩm thực, khu trò chơi, văn phòng làm việc...) là 5.875m2 cho TCV thuê trả tiền hằng năm.
Trước đó vào tháng 10-2024, tiền thuê đất của TCV đang nợ là 864 tỷ đồng, trong đó số tiền quá hạn phải thực hiện cưỡng chế nợ thuế là hơn 787 tỷ đồng. Trong khi TCV là doanh nghiệp hoạt động không vì mục đích lợi nhuận với chức năng chính là quản lý vườn thú cổ 160 năm tuổi, chăm sóc nhiều động vật và thực vật quý hiếm…
