Theo đề án, Sở GDCK Việt Nam hoạt động theo mô hình công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên 100% vốn Nhà nước, dưới hình thức công ty mẹ - con. Sở GDCK Việt Nam có mức vốn điều lệ là 3.000 tỷ đồng. Bộ Tài chính là cơ quan đại diện chủ sở hữu vốn Nhà nước.
Về lộ trình thực hiện, trong giai đoạn 1 (2019-2020), tiếp tục duy trì hoạt động các thị trường GDCK như hiện nay tại Sở GDCK TPHCM và Sở GDCK Hà Nội; thống nhất tổ chức bộ máy hoạt động của Sở GDCK Việt Nam, sắp xếp lại bộ máy tổ chức của Sở GDCK Hà Nội và Sở GDCK TPHCM...Giai đoạn 2 (2020-2023), đưa hệ thống công nghệ thông tin thị trường đi vào hoạt động, áp dụng cho Sở GDCK Hà Nội và Sở GDCK TPHCM, trên cơ sở đó thực hiện lộ trình phân khúc các khu vực thị trường; xây dựng phương án cổ phần hóa Sở GDCK Việt Nam để triển khai thực hiện sau năm 2023.