Bên cạnh đó, quy chế còn quy định Bộ GD-ĐT sẽ tổ chức thẩm định nội dung một số luận án tiến sĩ khi có phản ánh, khiếu nại hoặc tố cáo hay theo yêu cầu của công tác quản lý, kiểm tra và giám sát. Đối với việc tổ chức thực hiện, quy chế của Bộ GD-ĐT quy định các cơ sở đào tạo phải có trách nhiệm xây dựng, ban hành và tổ chức thực hiện quy định riêng của cơ sở đào tạo trên cơ sở cụ thể hóa những quy định của bộ với yêu cầu ngang bằng hoặc cao hơn nhưng không được trái với những quy định của Bộ GD-ĐT.
Quy định về việc đánh giá chất lượng luận án, hàm lượng khoa học của từng luận án là minh bạch, rõ ràng và trước hết là trách nhiệm của cơ sở đào tạo, của người hướng dẫn, của đơn vị chuyên môn và của các nhà khoa học tham gia vào các bước đánh giá luận án, trong đó vai trò của người hướng dẫn là quan trọng nhất. Phải luôn đề cao đạo đức khoa học, nghiêm minh, trung thực, khách quan, không nể nang dễ dãi trong quá trình đào tạo và đánh giá để nâng cao chất lượng đầu ra của sản phẩm được đào tạo. “Với những luận án có phản ánh và có ý kiến của dư luận, Bộ GD-ĐT sẽ tiến hành thẩm định theo đúng quy chế hiện hành”, bà Nguyễn Thu Thủy nêu rõ.