Theo Sở GTVT, bình quân mỗi ngày lượng hành khách thông qua bến xe là 2.603 lượt với 386 chuyến xe. Tổng số tuyến vận tải hành khách cố định liên tỉnh đang đăng ký hoạt động tại Bến xe miền Đông mới là 57 tuyến đến 20 tỉnh, thành trên cả nước.
Tổng số chuyến tính cả đi và đến tương ứng với 57 tuyến, theo biểu đồ xe chạy là 1.218 chuyến. Tuy nhiên, số chuyến đang hoạt động chỉ 402 chuyến, đạt tỷ lệ 33% so với biểu đồ chạy xe.
Thời gian qua, sản lượng hành khách tại bến xe chưa đạt như kỳ vọng. Sau khi di dời giai đoạn 2 các tuyến vận tải hành khách cố định liên tỉnh từ bến cũ sang bến mới, một số đơn vị vận tải đã giảm chuyến hoặc ngừng khai thác do ít khách tại bến.
Nguyên nhân lượng khách giảm là do thói quen đi lại của hành khách đến BXMĐ mới để lên xe chưa được hình thành, công tác truyền thông, thông tin việc di dời chưa được thực hiện hiệu quả. Bên cạnh đó, việc tổ chức trung chuyển chưa đáp ứng được nhu cầu của hành khách. Hạ tầng giao thông xung quanh khu vực BXMĐ mới chưa được hoàn thiện, chưa thuận lợi cho xe khách ra vào bến và kết nối với cao tốc TPHCM – Long Thành – Dầu Giây.
Hiện nay, Sở GTVT đã tổ chức 9 tuyến vận tải hành khách bằng xe buýt kết nối BXMĐ mới. Dự kiến trong thời gian tới, Sở tiếp tục mở mới 3 tuyến có điểm cuối tuyến tại BXMĐ mới gồm: 2 tuyến xe buýt điện (Vinhomes Grand Park – BXMĐ mới và BXMĐ mới – Đại học Quốc gia) và 1 tuyến kết nối trực tiếp từ BXMĐ – BXMĐ mới qua trục Xa lộ Hà Nội.
Sở GTVT kiến nghị Tổng Công ty Cơ khí giao thông Vận tải Sài Gòn nghiên cứu phương án miễn, giảm giá sử dụng dịch vụ tại BXMĐ mới và hỗ trợ chỗ đậu cho xe taxi, xe hợp đồng…